Analýza polymorfních cross-species mikrosatelitů pro determinaci paternity u pelikána kadeřavého (Pelecanus crispus)

Anna Chmelařová

Bachelor's thesis

The analysis of polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in Dalmatian Pelican (Pelecanus crispus)

Abstract:

Pelikán kadeřavý (Pelecanus crispus) je zástupce řádu veslonozí (Pelecaniformes), který patří mezi zranitelné druhy. Vyskytuje se v oblasti Středozemního a Černého moře, v jižní a jihozápadní Asii a v severovýchodní Africe. U pelikána kadeřavého nebyly dosud popsány polymorfní mikrosatelitové lokusy. Primery amplifikující polymorfní mikrosatelitové lokusy byly navrženy pouze pro příbuzné druhy z řádu veslonozí (Pelecaniformes). Tato bakalářská práce se zabývá nalezením polymorfních mikrosatelitových lokusů vhodných pro určování paternity u pelikána kadeřavého pomocí jejich cross-species PCR amplifikace s použitím primerů odvozených od příbuzných i nepříbuzných druhů ptáků z řádů veslonozí (Pelecaniformes), brodiví (Ciconiiformes), plameňáci (Phoenicopteriformes), dlouhokřídlí (Charadriiformes), potáplice (Gaviiformes), tučňáci (Sphenisciformes) a vrubozobí (Anseriformes). Z celkového počtu 223 testovaných mikrosatelitů bylo nalezeno 11 polymorfních lokusů, které měly od 2 do 6 alel. Průměrný počet alel byl 2,64, průměrná pozorovaná heterozygotnost byla 0,36. Při použití tohoto souboru polymorfních mikrosatelitových lokusů byla pravděpodobnost 0,003 %, že by dva jedinci měli stejnou alelovou konstituci. Soubor nalezených polymorfních mikrosatelitových lokusů může být použit při následných studiích paternity a struktury populací u pelikána kadeřavého

Abstract:

Dalmatian pelican (Pelecanus crispus) is the representative of the order of Pelecaniformes, which belongs to the vulnerable species. It occurs in the Mediterranean and Black Sea, South and Southwest Asia and North Africa. Polymorphic microsatellite loci have not been described yet for Dalmatian pelican. There were designed only primers amplified polymorphic microsatellite loci for related species of the order of Pelecaniformes. This bachelor work deals with finding of polymorfic microsatellite loci suitable for paternity determination of the Dalmatian pelican, by means of their cross-species PCR amplification, using the primers derived from related and unrelated bird species of the order of Pelecaniformes, Ciconiiformes, Phoenicopteriformes, Charadriiformes, Gaviiformes, Sphenisciformes and Anseriformes From the total number of 223 tested microsatellites, 11 polymorfic loci were discovered. The average number of alleles was 2.64 and the average observed heterozygosity was 0.36. Using this polymorphic microsatellite loci was 0.003 % probability that two individuals have the same allele constitution. Those microsatellite loci can be used for the subsequent paternity and population structure studies of Dalmatian pelican

Keywords

mikrosatelity, pelikán kadeřavý, veslonozí, cross-species PCR amplifikace

Keywords

microsatellites, Dalmatian pelican, Pelecaniformes, cross-species PCR amplification

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 4. 6. 2010
• Supervisor: Petr Nádvorník
• Reader: Miloslav Kitner

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Bachelor programme / field:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie