Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus).

Monika KLACLOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Greater Flamingo (Phoenicopterus roseus).

Abstract:

V této bakalářské práci jsem se zabývala hledáním polymorfních mikrosatelitů u plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus) pomocí cross-species PCR amplifikace mikrosatelitů od zástupců z řádu tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů. V teoretické části jsem se zabývala fylogenezí plameňáků a popisem řádu plameňáci (Phoenicopteriformes) a plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus). Dále jsem se zabývala problematikou repetitivních sekvencí DNA, kde jsem se nejvíce soustředila na mikrosatelity. V další kapitole jsem se věnovala způsobům, kterými je možné hledat nové mikrosatelity a popsala jsem metodu PCR, která se využívá mimo jiné i při studiu mikrosatelitů. V poslední části rešerše jsem popsala způsob hledání všech mikrosatelitů, které byly doposud optimalizované od zástupců z řádu tučňáci, EST ptačích mikrosatelitů a konzervovaných ptačích mikrosatelitů. V praktické části jsem testovala cross-species PCR amplifikací 173 párů primerů od zástupců z řádu tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů na genomické DNA šesti nepříbuzných jedinců plameňáka růžového. Testovaných 173 párů primerů pro amplifikaci 113 párů primerů odvozenených od 9 druhů tučňáků, 36 párů primerů vytvořených pro 35 EST ptačích mikrosatelitů a 24 párů primerů pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Nalezla jsem 24 párů primerů, které u plameňáka růžového amplifikují 25 polymorfních produktů. Z objevených polymorfních mikrosatelitních lokusů bylo 13 mikrosatelitů navržených pro řád tučňáci, 5 EST ptačích mikrosatelitů a 6 konzervovaných ptačích mikrosatelitů.

Abstract:

In this bachelor thesis I have been searching for polymorphic microsatellites in the Greater Flamingo (Phoenicopterus roseus) using cross-species PCR amplification of microsatellites from penguins and universal avian microsatellites. In the theoretical part I was dealing with phylogeny of flamingos and a description of the order Flamingos (Phoenicopteriformes) and the Greater Flamingo (Phoenicopterus roseus). I also dealt with the issue of repetitive DNA sequences, where I focused mostly on microsatellite. In the next chapter I concentrated on ways to find new microsatellites and described the PCR method, which is used, among other things, for microsatellite studies. In the last part of the experimental part I have described the way of searching for all microsatellites, which have been optimized so far from representatives of the penguins order, EST bird microsatellites and conserved avian microsatellites. In the practical part, I tested cross-species PCR amplification of 173 primer pairs from penguins and universal avian microsatellite species on the genomic DNA of six unrelated Greater Flamingos. The 173 tested primer pairs consisted of 113 primer pairs derived from 9 penguin species, 36 primer pairs designed for 35 EST avian microsatellite and 24 primer pairs designed for conserved avian microsatellite. I found 24 primer pairs that amplify 25 polymorphic products in the greater flamingo. I found out that 13 microsatellites, of the discovered polymorphic microsatellite loci, were designed for the penguin order, 5 EST avian microsatellites and 6 conserved avian microsatellites.

Keywords

plameňák růžový (Phoenicopterus roseus), tučňák, mikrosatelit, cross-species PCR amplifikace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 27. 7. 2018

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Mathematics / Mathematics - Biology