PCR diagnostika Neoehrlichia mikurensis

Pavlína ČÍŽKOVÁ

Bachelor's thesis

PCR diagnostics Neoehrlichia mikurensis

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá vývojem nové diagnostické metody na stanovení bakterie Candidatus Neoehrlichia mikurensis v klíšťatech. Nová metoda byla vyvinuta na základě nedostupnosti vhodné diagnostické metody N. mikurensis, a také z důvodu nedostatečně přesných údajů o promořenosti klíšťat patogenem Candidatus Neoehrlichia mikurensis v odborné literatuře. V teoretické části se zabývám obecnými informacemi o klíšťatech a jimi přenášenými chorobami, které mohou být bakteriálního, virového či protozoálního původu. Onemocnění, která jsou v této práci popsána, jsou borelióza, klíšťová encefalitida, ehrlichióza, bartonelóza, tularémie a babesióza. Zvláštní pozornost je věnována nově detekovanému původci neoehrlichiózy. Při vývoji nové diagnostické metody bylo využito velké množství laboratorních technik, jako je polymerázová řetězová reakce (PCR), klonování, sekvenování a elektroforéza v agarózovém gelu (ELFO). Tyto metody jsou doplněny velkým množstvím rozdílných laboratorních postupů, jako je izolace DNA, minipreparace plazmidové DNA, přečištění DNA z gelu a příprava bakteriálního zásobního roztoku. Statistické vyhodnocení bylo provedeno na základě analýzy směsných vzorků po 10 klíšťatech, pomocí metody PCR. Testování proběhlo celkem z 1390 klíšťat v průběhu roku 2018.

Abstract:

This bachelor thesis focuses on the development of a new diagnostic method for the detection of Candidatus Neoehrlichia mikurensis in ticks. The new method was developed based on the unavailability of a suitable diagnostic method of N. mikurensis as well as the lack of accurate data about infection frequency of ticks by the pathogen Candidatus Neoehrlichia mikurensis in the scientific literature. In the theoretical part, I deal with general information about ticks and their transmitted diseases, which can be bacterial, viral or protozoal. The diseases described in my bachelor thesis are borreliosis, tick-borne encephalitis, ehrlichiosis, bartonellosis, tularemia and babesiosis. Special attention is dedicated to newly detected causative agents of neoehrlichiosis. Various type of techniques have been used during the development of the new diagnostic method, such as polymerase-chain-reaction (PCR), cloning, sequencing and agarose gel electrophoresis (ELFO). These methods are complemented by a large number of different laboratory procedures, such as DNA isolation, minipreparation of plasmid DNA, gel purification of DNA, and bacterial stock solution preparation. Statistical evaluation was performed based on the analysis of mixed samples of 10 ticks, using the PCR method. A total of 1 390 ticks were tested during 2018.

Keywords

klíště, infekční choroby, Candidatus Neoehrlichia mikurensis, PCR, neoehrlichióza, promořenost klíšťat, výskyt klíšťat

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 3. 5. 2019

Thesis defence

• Supervisor: doc. RNDr. Ladislav Burýšek, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Zdravotní laborant