Analýza cizorodého genetického materiálu u zástupců rodu Hordeum

Tereza KŘIVÁNKOVÁ

Bakalářská práce

Analysis of foreign genetic material in Hordeum species

Anotace:

Ječmen setý (Hordeum vulgare L.) je jedna z nejdříve domestikovaných a zároveň nejdéle pěstovaných obilnin v historii lidstva. V souvislosti se stále narůstající mírou populace je předním cílem základního výzkumu dokonalá znalost genomu, která může zajistit efektivní a šetrné zemědělství, a přitom uspokojit nároky na jeho produkci. Předkládaná bakalářská práce se skládá z teoretické a praktické části. Cílem teoretické části bakalářské práce je vypracování literární rešerše zaměřené na studium a analýzu rDNA u vybraných zástupců rodu Hordeum (podčeleď Pooideae) v širším fylogenetickém kontextu. Praktická část se skládá z optimalizace metody PCR a následného skrínování BAC DNA knihovny Hordeum stenostachys. Cílem bylo nalezení BAC klonů, které indikují přítomnost cizí rDNA pocházející z podčeledi Panicoideae. Tímto způsobem byly selektovány pozitivní BAC klony 55F16 a 92M24. Sekvenační analýza ukázala, že tato rDNA pochází z příbuzného rodu Arundinella.

Abstract:

Barley (Hordeum vulgare L.) is one of the earliest domesticated and the longest-grown cereal in human history. In the context of an ever-increasing population, the ultimate goal of basic research is to have a thorough knowledge of the genome, which can provide efficient information for economical farming while meeting the demands of its production. This bachelors thesis consists of theoretical and practical part. The aim of the theoretical part of the thesis is to elaborate on a literary review focused on the study and analysis of rDNA in selected representatives of the genus Hordeum (subfamily Pooideae) in a broader phylogenetic context. The practical part consists of optimization of PCR method and subsequent screening of BAC DNA library Hordeum stenostachys. The aim of work was to find BAC clones that indicate the presence of foreign rDNA originating from the Panicoideae subfamily. Positive BAC clones 55F16 and 92M24 were selected. Sequencing analysis showed that this rDNA originated from a related Arundinella genus.

Klíčová slova

Hordeum, rDNA, ITS, fylogenetika, horizontální přenos genů

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Jan Šafář, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie