Struktura komplexů oligonukleotidů s potenciálními interkalátory

Bc. Jan Novotný, Ph.D.

Diplomová práce

Structure of complexes between oligonucleotides and potential intercalators

Anotace:

Teoretická část předkládané diplomové práce shrnuje metody studia termodynamických vlastností interakce planárních molekul s nukleovými kyselinami, se zřetelem na DNA interkalaci jako významný strukturně-biologický i klinický fenomén. Zahrnuje nejdůležiThetější experimentální i výpočetní přístupy. Náplň experimentální části sledovala následující cíle: nalézt vhodnou receptorovou sekvenci a ligand pro NMR experimenty, identifikovat vazebný mód, stechiometrii a sekvenční selektivitu zvoleného systému protoberberinového alkaloidu palmatinu a nonamerního oligonukleotidu a výsledky srovnat s MD simulacemi komplexu.

Abstract:

The theoretical part deals with most important methods utilized in studies of thermodynamic properties describing DNA intercalation. It involves both experimental and computational approaches. The experimental part was aimed at the following points: to find a suitable receptor sequence and ligand from the NMR point of view, to identify the binding mode and stoichiometry of complex consist of 9-mer oligonucleotide and the protoberberine alkaloid palmatine, to elucidate its sequence selectivity and to compare obtained experimental results with MD simulations.

Keywords

protoberberine alkaloids, DNA intercalation, NMR spectroscopy, MD simulation, palmatine

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 22. 6. 2010
• Vedoucí: prof. RNDr. Radek Marek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biomolekulární chemie