Statistická a strukturní analýza hranic exonů v proteinech

Bc. Martin Nevrkla

Bachelor's thesis

Statistical and structural analysis of exon boundaries in proteins

Anotácia:

V bakalalářské práci popisuji mnou vytvořený program ,který automaticky zjišťuje hranice exonů v genech. Tyro hranice jsou následně mapovány na sekvenci proteinů, jež gen kóduje, a zjišťuje nakolik se tyto hranice překrývají s hranicemi kozervovaných domén a sekundárních struktur. Takto získaná data program statisticky vyhodnotí. K tomuto účelu program spolupracuje s databázemi Entrez a PDB.

Abstract:

In my bachelor's thesis I describe a program created by myself that automatically determines borders of exons in genes. These borders are then mapped on protein sequences that the genes code for a determines how much these borders overlap with the borders of conserved domains and secondary structure of the proteins. The data that the program gets are then statistically analysed. For this purpose the program co-operates with databases Entrez and PDB.

Kľúčové slová

Exon, Entrez, PDB, gen, protein, konzervovaná doména, sekundární struktura

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2009
• Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics