Charakteristika vazby nádorových supresorů na strukturní motivy DNA

Bc. Gabriela Bučeková

Master's thesis

Binding characteristics of tumor suppressor genes to DNA structural motifs

Abstract:

Tumor suppressor p53 is one of the most important molecule in the human body. As a transcription factor, p53 regulates several cellular processes such as DNA repair, cell cycle or induction of apoptosis. Mutations in TP53 gene, the gene encoding p53, are generally associated with tumorigenesis. DNA binding ability of p53 is one of the main mechanism to suppress cancer cell growth. P53 has two DNA-binding domains: the sequence-specific DNA-binding core domain and the C-terminal domain, which forms complexes with non-specific DNA. In this thesis we used methods such as EMSA or AFM in order to study the DNA binding ability of three isoforms of p53 protein (p53α, p53β and p53γ), which are capable of forming secondary structures. Our results indicate that p53α and p53β isoforms have stronger DNA binding capability than p53γ.

Abstract:

Protein p53 patří mezi jednu z nejdůležitějších molekul v lidském těle. Nádorový supresor p53 jako transkripční faktor v buňce reguluje množství dějů, například opravu DNA, zastavení buněčného cyklu či indukci apoptózy. Mutace v genu TP53, který kóduje tento protein, jsou spojeny se vznikem různých typů nádorového onemocnění. Funkci nádorového supresoru může p53 plnit hlavně díky jeho schopnosti vázat se na DNA. Protein p53 se na DNA může vázat dvěma způsoby, a to sekvenčně specificky, což je realizováno centrální DNA-vazebnou doménou, nebo sekvenčně nespecificky, což je zprostředkováno C-koncovou doménou. V této práci byly za pomoci metod jako EMSA a AFM experimentálně zkoumány vazby tří izoforem proteinu p53, a to p53α, p53β a p53γ, na DNA se schopností tvorby lokálních struktur. Bylo zjištěno, že izoformy p53α a p53β se vážou na DNA s lokálními strukturami s větší intenzitou než izoforma p53γ.

Keywords

proteín p53, izoformy p53, nádorový supresor, vazba proteín-DNA, lokální struktury, křížová struktura, G-kvadruplex, EMSA, AFM, P53 protein, p53 isoforms, tumor suppressor, protein-DNA binding, secondary structure, cruciform structure, G-quadruplex

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 1. 2020

Thesis defence

• Date of defence: 4. 2. 2020
• Supervisor: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.
• Reader: Mgr. Markéta Pernisová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Genomics and Proteomics