Analýza a charakteristika vybraných polymorfních mikrosatelitů z řádu trubkonosí a tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u čápa simbila (Ciconia abdimii)

Bc. Ondřej KOPECKÝ

Master's thesis

The analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites from orders Procellariiformes and Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Abdim's Stork (Ciconia abdimii).

Anotácia:

Tato diplomová práce se zaměřuje na analýzu a charakterizaci polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa simbila, které byly u něj nalezeny pomocí cross-species PCR amplifikace. Teoretická část této práce se soustředí na řád čápi, a to především na jeho systematiku a na cytogenetickou analýzu u zástupců z toho řádu, ale také na popis samotného čápa simbila. Další část je zaměřena na mikrosatelity, konkrétně na jejich původ, dynamiku a distribuci u ptáků. V poslední části jsou popsané doposud nalezené de novo polymorfní mikrosatelitní lokusy u druhů z řádu čápi. Experimentální část se zabývá analýzou a charakterizací cross-species polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa simbila, které byly nalezeny u tohoto druhu v pracích Košatová (2020) a Kopecký (2022). Tyto lokusy byly původně popsány u zástupců z řádu trubkonosí a tučňáci, ale také některé byly konzervované ptačí mikrosatelity. Navíc bylo v této práci nově otestováno 68 párů primerů pro mikrosatelity popsané u zástupců z kladu Aequorlitornithes. Celkem bylo na 10 nepříbuzných jedincích čápa simbila charakterizováno 50 polymorfních mikrosatelitů na základě populačně-genetických parametrů a žádná dvojice mikrosatelitů nebyla ve vazbě. U těchto lokusů bylo nalezeno 2 až 12 alel.

Abstract:

This master thesis focuses on the analysis and characterization of polymorphic microsatellite loci found in the Abdim's stork using cross-species PCR amplification. The theoretical part of this thesis focuses on the order Ciconiiformes, especially on its systematics and cytogenetic analysis of species of this order, but also on the description of the Abdim's stork itself. The next part focuses on microsatellites, specifically their origin, dynamics and distribution in birds. The last section describes the de novo polymorphic microsatellites loci found so far in storks. The experimental part deals with the analysis and characterization of cross-species polymorphic microsatellites loci in the Abdim's stork. These microsatellites have already been identified in this species by Košatová (2020) and Kopecký (2022) and were originally described in species of the orders Procellariiformes and penguins, but some were also conserved avian microsatellites. In addition, 68 primer pairs were newly tested in this work for microsatellites that have been described in species of the clade Aequorlitornithes. In total, 50 polymorphic microsatellites were characterized on 10 unrelated Abdim's storks based on population-genetic parameters, and no microsatellite pairs were linkage disequilibrium. Between 2 and 12 alleles were found at these loci.

Kľúčové slová

Čáp simbil, mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, Ciconia abdimii, trubkonosí, tučňáci, Sphenisciformes, konzervované ptačí mikrosatelity

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 4. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Molecular and Cell Biology / Molecular and Cell Biology