Vliv empirického potenciálu na konformační chování molekul

Dominika HANAKOVIČOVÁ

Bakalářská práce

The effect of empirical potential on the conformational properties of molecules

Anotace:

Cieľom tejto bakalárskej práce je posúdiť stabilitu a konformačné správanie hybridov nukleových kyselín v molekulárne dynamických simuláciách. Simulácie sú spracované v rôznych silových poliach, z nich niektoré vznikli iba v posledných rokoch a pre vybrané štruktúry zatiaľ neboli testované. Predmetom práce je predovšetkým štúdium vplyvu empirického potenciálu na štruktúrne vlastnosti hybridov a ich porovnanie s čistou formou nukleových kyselín a dostupnými experimentálnymi dátami. Analýza cukor-fosfátovej kostry a vybraných štruktúrnych parametrov je uskutočnená s cieľom zistiť, či je štruktúra hybridov bližšie k forme A-RNA nebo B-DNA.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis is to assess stability and conformational properties of hybrids of nucleic acids in molecular dynamics simulations. Simulations are carried out with various force fields, some of which have been modified in recent years and selected structures have not yet been tested with them. We are interested mainly in the effect of empirical potential on structural properties of hybrids and comparison of hybrids with pure forms of nucleic acids and with available experimental data. Sugar-phosphate backbone and selected structural parameters are examined with the aim to find out if hybrids are structurally closer to the A-RNA or B-DNA form.

Klíčová slova

molekulová dynamika, nukleové kyseliny, hybridy, silové pole

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Marie Zgarbová, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Chemie / Nanomateriálová chemie