Biochemicky významné motivy v putativních proteinech

Mgr. Lukáš Hanušovský

Bakalářská práce

Biochemically significant motifs in putative proteins

Anotace:

V súčasnej dobe máme k dispozícii stále viac a viac 3D štruktúru proteínov, ktoré majú neznámu funkciu – domnelý protein. Úlohou mojej bakalárskej práce bolo overiť, či je možné odhadnúť funkciu týchto proteínov na základe toho, že obsahujú rovnaké väzobné miesto ako proteín, ktorého funkciu poznáme. V kontexte mojej práce, som tento prístup aplikoval na väzobné miesta kovov. Následne som bol schopný identifikovať väzbové miesta kovu, zdieľané domnelým a známym proteinom. Súvisiace možnosti predikcie som demonštroval na proteíne 3MKV. Toto bol prvý test uvedenej metodiky a plánuje sa pokračovať v jej vývoji. Celá práca a sprievodné výsledky budú využité v Národnom Centre pre Výskum Biomolekúl na Masarykovej univerzite.

Abstract:

Currently there are more and more available 3D structures of proteins, which have the unknown function – putative proteins. Task of my thesis was to test whether it is possible to estimate the function of these proteins on the basis that they contain the same binding sites as protein whose function we know. In the context of my work, I applied this approach and I worked with metal binding sites. Subsequently I was able to identify metal binding sites, shared putative and known proteins. Related options of prediction I demonstrated on the protein 3MKV. This work was the first test of described methodology and it is planned to continue in its development. The whole thesis and the accompanying results will be used at the National Centre for Biomolecular Research at Masaryk University.

Keywords

Putative, proteins, sugar, metal, binding sites, motifs, superimposing, functions. Domnelý, proteín, cukor, kov, väzbové miesta, motívy, vrstvením, funkcie.

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2011
• Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Martin Prokop, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika