Molekulární charakterizace multirezistetních kmenů vybraných bakterií izolovaných od pacientů s hematologickými malignitami

Bc. Zuzana Skokanová

Master's thesis

Molecular characterization of multidrug resistant bacteria isolated from patients with hematological malignancy

Abstract:

Bacterial infections belong to the most threatening complications among the patients with hematological malignances. In the recent years, the amount of polyresistant strains of bacteria is higher. These strains are also resistant to many groups of antibiotics. Quick and correct antibiotic therapy is important for handling such diseases. Current diagnostic routines characterize clinical isolates on the basis of their fenotype (e.g.: sensitivity to antibiotics). Usage of the modern methods in molecular biology can improve the typology of bacterial isolates on the basis of their genomes. The aim of the thesis was to describe the methods used on the following typology of ESBL strains K. pneumoniae gathered from the patients in FN Brno using methods such as PCR, Mini-MLST or PFGE. Thesis also describes the detection of plasmids and genes to find out their identical and different features from the point of view of strains.

Abstract:

Bakteriální infekce představují častou a život ohrožující komplikaci u pacientů s hematologickými malignitami. Navíc, v posledních letech přibývá počet polyrezistentních kmenů bakterií, kmenů, které jsou současně rezistentní na více skupin antibiotik. Pro zvládnutí takových onemocnění je nutná rychlá a správně zahájena antibiotická terapie. Současná rutinní diagnostika charakterizuje klinické izoláty na základě jejich fenoutypu (např. citlivosti na antibiotika). Zavedení moderních metod molekulární biologie umožní typizovat bakteriální izoláty na základě analýzy jejich genomů. Cílem této diplomové práce byl popis metod ve smyslu jejich použití pro následnou typizaci ESBL kmenů K. pneumoniae získaných od pacientů FN Brno, využitím metod PCR, Mini-MLST nebo PFGE. Dále jsme se zaměřili na detekci plazmidů a genů rezistence pro účely objasnění identičnosti nebo odlišnosti kmenů.

Keywords

ESBL, K. pneumoniae, geny rezistence, plazmid, klinické vzorky, imunokompromitovaní pacienti, beta-laktámy, PCR, mini-MLST, PFGE, antimikrobiální látky, epidemiologie, genes of resistance, plasmid, clinical samples, immunocompromited patients, beta-lactams, antimicrobials, epidemilogy

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 5. 2018

Thesis defence

• Date of defence: 13. 6. 2018
• Supervisor: doc. Mgr. Martina Lengerová, Ph.D.
• Reader: RNDr. Stanislava Králová

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Special Biology