Detekce a kvantifikace ´Candidatus Phytoplasma prunorum´ v planých a kulturních hostitelích

Martina Horníková

Bachelor's thesis

Detection and kvantification of ´Candidatus Phytoplasma prunorum´ in wild and arapble hosts

Abstract:

Fytoplazmy jsou ekonomicky významné rostlinné patogeny, které způsobují onemocnění ovocných stromů a činí tak obrovské finanční ztráty. Jsou detekovatelné několika biologickými a laboratorními metodami, z nichž je v současnosti nejvýznamnější metoda real-time PCR. Cílem této práce bylo vybrat vhodný postup a primery pro kvantitativní polymerázovou řetězovou reakci Candidatus Phytoplasma prunorum a dále stanovit relativní koncentrace této fytoplazmy ve vzorcích odebraných z příznakových a bezpříznakových stromů meruněk v semenném sadu meruněk Zahradnické fakulty Mendlovy univerzity v Lednici na Moravě. Pro detekci a identifikaci fytoplazmy evropské žloutenky peckovin byly použity primery rpLNS3f/rpLNSr2, fU5/rU3 a fAT/rPRUS. Výsledky relativního i absolutního stanovení koncentrace fytoplazem v jednotlivých vzorcích byly velmi variabilní a na hladině 99 % nebyl prokázán statisticky průkazný rozdíl v jejich koncentraci mezi příznakovými a bezpříznakovými stromy

Abstract:

Phytoplasmas are economically important plant pathogens which induce diseases of fruit trees and that is why they induce huge financial losses. They are detectable with a number of biological and laboratory methods. Presently the most important is real-time PCR method. The aim of this labour is to choose the suitable process and primers for quantitative polymerase chain reaction of Candidatus Phytoplasma prunorum. Then specify relative concentration of this phytoplasma in samples gained from symptomatic and asymptomatic apricot trees which arise out of seed plantation of Faculty of gardening, Mendel University, Lednice na Moravě. For detection and identification of European stone fruit yellows phytoplasma were used rpLNS3f/rpLNSr2, fU5/rU3 and fAT/rPRUS primers. Results of relative and absolute determination of phytoplasma concentration in every single samples were high variable and the statistically evidential difference in their concentration between symptomatic and asymptomatic trees has not been specified on the 99% value

Keywords

Candidatus Phytoplasma prunorum, fytoplazma evropská žloutenky peckovin, ESFY, real-time PCR, kvantitativní PCR, kvantitativní stanovení, absolutní koncentrace fytoplazmy, relativní koncentrace fytoplazmy

Keywords

Candidatus Phytoplasma prunorum, European stone fruit yellows phytoplasma, Apricot chlorotic leaf roll virus, Peach chlorotic leaf roll virus, ESFY, real-time PCR, quantitative PCR, absolute concentration, relative concentration, phytoplasma detection

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 4. 6. 2010
• Supervisor: Milan Navrátil
• Reader: Dana Šafářová

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Bachelor programme / field:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie