Strukturní porovnávání retro-peptidů, retro-inverso peptidů a D-enantiomerů peptidů

Bc. Tereza Ghazalová

Master's thesis

Structure comparison of retro-peptides, retro-inverso peptides and D-enantiomers

Abstract:

Biochemicky velmi zajímavými molekulami jsou specifické druhy peptidů, konkrétně retro-peptidy, retro-inverso peptidy a D-enantiomery peptidů. Tyto molekuly jsou velmi užitečné při studiu funkce peptidů a proteinů a lze je rovněž využít pro farmaceutické účely. Při práci s těmito látkami je důležité mít možnost porovnat 3D struktury těchto peptidů se 3D strukturami molekul, od kterých jsou odvozené. V rámci své diplomové práce jsem se zaměřila právě na toto porovnávání. V první části práce jsem se seznámila se softwarovým nástrojem SiteBinder a s algoritmy, které využívá pro porovnávání 3D struktury molekul. Dále jsem vyhledala v rámci databáze Protein Data Bank molekuly retro-peptidů, retro-inverso peptidů a D-enantiomerů. Poté jsem provedla porovnání těchto 3D struktur s peptidy, od nichž jsou dané molekuly odvozeny. Porovnání ukázalo u velké části z nich vysokou míru podobnosti s původními peptidy. Výsledky rovněž ukazují, že softwarový nástroj SiteBinder je schopen toto porovnávání 3D struktur realizovat a že pro dané účely lze využít rovněž software Pymol.

Abstract:

Special types of peptides - retro-peptides, retro-inverso peptides and D-enantiomers of peptides - are very interesting from biochemical point of view. These molecules are useful for studying of protein function and they can be also utilised in pharmacy. For research of these molecules, we need to compare 3D structure of them with the molecules, from which they are derived. In my diploma work, I focused on this comparison. In first part of my work, I learned a software tool SiteBinder and algorithms, which it uses for comparison of molecular 3D structures. Afterwards, I found molecules of retro-peptides, retro-inverso peptides and D-enantiomers in Protein Data Bank. Then, I performed comparison of these 3D structures with peptides, from which they are derived. This comparison showed, the software tool SiteBinder is suitable for such analyses and also software PyMOL can be used.

Keywords

retro peptid, retro-inverso peptid, D-peptid, SiteBinder

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 8. 1. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 6. 2. 2014
• Supervisor: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Biomolecular Chemistry