Selekce a labeling proteinových struktur

Mgr. Michal Pavelka

Bakalářská práce

Selections and labeling of protein structures

Anotace:

Úkolem práce bylo implementovat labeling (popisování) a pokročilé selekční nástroje do aplikace CAVER Viewer (software na vizualizaci a analýzu proteinových struktur). Labeling nám umožňuje zobrazit popisky u problémů, které nás zajímají. V prostředí proteinové struktury to jsou nejčastěji atomy, residua a řetězce. Labeling byl tedy implementován do CAVER Vieweru tak, aby dokázal popsat zmíněné elementy a to v takové podobě, aby byl vizuálně přijatelný ve všech vizualizačních metodách proteinových struktur, které CAVER Viewer obsahuje. Dále bylo úkolem implementovat pokročilé selekční nástroje, mezi které patří picking (přímý výběr), selekční obdélník a selekce pomocí objemových těles. Tyto nástroje umožňují uživatelům vybrat část proteinové struktury a pracovat pouze s ní. V neposlední řadě bylo doděláno do CAVER Vieweru i grafické rozhranní, které je nezbytné pro manipulaci s těmito nástroji.

Abstract:

The goal of the work was to implement labeling to the application CAVER Viewer (software tool for protein analysis and visualisation). Labeling is useful for showing labels at problems which we are interested in. In environment of protein structure we usually want to label atoms, residues and chains. Labels should be visually acceptable in every visualisation method of protein structure, which CAVER Viewer has. The next goal was to implement advanced selection tools like as picking, selection rectangle and volume selection. These tools lets user choose part of protein structure and work just with it. Last but not least was done graphical interface to CAVER Viewer, which is necessary for manipulation with these tools.

Klíčová slova

CAVER Viewer, proteinová struktura, labeling, selekce, objem, vizualizace, bioinformatika

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2013
• Vedoucí: Mgr. Vilém Šustr
• Oponent: Mgr. Matúš Kotry

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Počítačová grafika a zpracování obrazu