Detection of RNA viruses by RT-PCR in a forest fungal pathogen

Anna Kuznetsova

Bachelor's thesis

Detekce RNA virů pomocí RT-PCR u lesních houbových patogenů

Abstract:

Tato výzkumná práce se zaměřuje na detekci viru v askomycetní houbě Dothistroma septosporum. D. septosporum způsobuje závažné a škodlivé listové onemocnění zvané Dothistroma needle blight (DNB), které celosvětově postihuje především borovice. V České republice jsou nejvíce postiženými druhy Pinus sylvestris a Pinus mugo. V současné době probíhá intenzivní výzkum s cílem lépe porozumět biologii a ekologii Dothistroma a vyvinout účinnější strategie ochrany. Jednou z těchto strategií by mohlo být využití houbových virů (mykovirů) jako biologických kontrolních látek (BCA). Pokud mykovirus vykazuje potenciální chování jako BCA, měl by být jeho přirozený přenos účinný. Proto je hlavní výzkum této práce založen na in vitro zkoumání vertikálního přenosu viru Dothistroma septosporum bunya-like virus 1 (DsBLV1), trojmocného negativního (-) jednořetězcového (ss) RNA viru zjištěného a popsaného u lesního houbového patogena D. septosporum pomocí reverzní transkripční polymerázové řetězové reakce (RT-PCR) s použitím druhových primerů. Za účelem posouzení míry vertikálního přenosu tří segmentů RNA viru DsBLV1 bylo vytvořeno a vyšetřeno sto monosporických kolonií jednoho izolátu D. septosporum.

Abstract:

This study is focused on the detection of a virus in the ascomycete fungus Dothistroma septosporum. D. septosporum causes a serious and damaging foliar disease called Dothistroma needle blight (DNB) that mainly affects pines worldwide. In the Czech Republic, Pinus sylvestris and Pinus mugo are the most affected species. Intensive research is currently undergoing to better understand the biology and ecology of Dothistroma and to develop more effective control strategies. One of these strategies could be the use of fungal viruses (mycoviruses) as biological control agents (BCAs). If a mycovirus shows a potential behavior for BCA, its natural transmission should be efficient. Therefore, the main research of this thesis is based on an in vitro examination of vertical transmission of Dothistroma septosporum bunya-like virus 1 (DsBLV1), a tripartite negative (-) single-stranded (ss) RNA virus detected and described in the forest fungal pathogen D. septosporum by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) using species primers. In order to assess the vertical transmission rate of the three RNA segments of DsBLV1 one hundred monosporic colonies of one D. septosporum isolate were generated and examined.

Keywords

Dothistroma septosporum, bunyavirus, mykovirus, RT-PCR, RNA viry, vertikální přenos

Keywords

bunyavirus, mycovirus, RT-PCR, Dothistroma septosporum, RNA viruses, vertical transmission

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 4. 2023

Thesis defence

• Date of defence: 5. 6. 2023
• Supervisor: Dr. Leticia Botella Sánchez
• Reader: Martin Černý, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of Forestry and Wood Technology

Bachelor programme:
Molecular Biology and Biotechnology