Analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus) a pelikána skvrnozobého (Pelecanus philippensis)

Bc. Iveta BARTOŇKOVÁ

Master's thesis

The analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus) and Spot-billed Pelican (Pelecanus philippensis)

Anotácia:

Hledání mikrosatelitových lokusů de novo je časově i finančně náročné. Doposud byly v rámci rodu pelikán mikrosatelity odvozeny de novo pouze od pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus) a pelikána severoamerického (P. erythrorhynchos). Tato práce je zaměřena na cross-species PCR amplifikaci u pelikána bílého a pelikána skvrnozobého (P. philippensis). K nalezení polymorfních lokusů u daných dvou druhů pelikánů byly použity mikrosatelitové lokusy odvozené od příbuzných druhů ptáků. V průběhu této práce bylo nalezeno, ověřeno a charakterizováno celkem 82 párů primerů amplifikujících 84 lokusů u pelikána bílého Z těchto 82 párů primerů bylo 10 odvozeno de novo od pelikána bílého a byly charakterizovány v rámci této práce kvůli analýze vazby s ostatními charakterizovanými polymorfními lokusy. U pelikána skvrnozobého jsem pak nalezla 18 polymorfních mikrosatelitů. U všech lokusů byly zjištěny alelové konstituce u většího počtu jedinců a následně byly charakterizovány s pomocí statistických programů. Na základě získaných dat byly stanoveny sady mikrosatelitových lokusů, které by bylo možno využít k ověření paternity u těchto dvou druhů pelikánů a pro populačně-genetické studie. Byly nalezeny také lokusy vázané na pohlaví, z nichž jeden lokus je univerzálním pohlavním markerem pro všechny doposud zkoumané druhy pelikánů.

Abstract:

Searching for microsatellite loci de novo is time and money consuming process. So far, de novo microsatellites were derived only from the Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus) and American White Pelican (P. erythrorhynchos). This thesis is focused on cross-species PCR amplification in Great White Pelican and Spot-billed Pelican. Microsatellites originally derived from DNA of closely related species were used to test polymorphism in these two pelican species. During this thesis, totally 82 polymorphic primer pairs amplifying 84 microsatellite loci were found and characterized in Great White Pelican, 18 polymorphic loci in Spot-billed Pelican respectively. Ten of 82 polymorphic primer pairs found in Great White Pelican were originally derived from this species and genotyped during this thesis to analyze linkage of the loci. Genotyping was conducted for all of these polymorphic loci in higher number of individuals and all of these loci were characterized using statistical programs. Based on obtained data, sets of microsatellite loci were selected to be used for paternity confirmation and population studies. Sex-linked loci were also found and one of them that seems to be universal marker for sex determination for all pelican species tested so far.

Kľúčové slová

mikrosatelity, cross-species, pelikán, Pelecanidae

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 6. 5. 2013

Zverejniť od: 6. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2013
• Vedúci: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Molecular and Cell Biology