Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování – Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D.
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D.
Doctoral thesis
Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování
Relationships between enzyme access pathways and catalytic activity by the methods of molecular modeling
Anotácia:
Tunely v enzymech spojují zanořená aktivní místa s vnějším prostředím a umožňují transport molekul ligandů. Tvar a fyzikálně-chemické vlastnosti těchto tunelů ovlivňují selektivitu, specificitu a aktivitu enzymů s konkrétními ligandy. Aminokyseliny tvořící stěny tunelů mohou být cíleny v proteinovém inženýrství za účelem navržení nových variant enzymů s vylepšenými vlastnostmi. Interakce enzymů s ligandy …viacAbstract:
Tunnels in enzymes connect buried active sites with the outer environment to allow the transport of ligand molecules. The shape and physicochemical properties of these tunnels influence the enzyme selectivity, specificity, and activity for particular ligands. Tunnel-lining residues can be targeted in protein engineering to design novel enzyme variants with improved properties. In silico methods can …viac
Jazyk práce: English
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 4. 2023
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/o6csa/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 20. 6. 2023
- Vedúci: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
- Oponent: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D., prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
Citační záznam
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceDoctoral programme / odbor:
Environmental Health Sciences / Computational biology, bioinformatics and modelling
Práce na příbuzné téma
-
Nucleation of water and argon in supersonic molecular beams by the molecular dynamics method
Martin Klíma -
Molekulová dynamika dvou řetězců hyaluronanu ve směsných rozpouštědlech (virtuální experiment)
Alena Kolaříková -
Molecular Modelling of Structure-Function Relationships in Enzymes
David Bednář -
Reaction mechanisms of glycosyltransferases studied by Ab Initio molecular dynamics
Pavel Janoš -
Struktura a dynamika nukleových kyselin
Viktor Illík -
Struktura a dynamika RNA
Marek Havrila -
Molekulová dynamika a výpočty volných energii mono a di-nukleotidových analogů s potenciálním antibiotickým účinkem
Hana Zigová -
Three dimensional structure determination of a biopolymer using molecular dynamics and experimental restraints measured in isotropic media and oriented phases
Josef Chmelík