Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u čápa simbila (Ciconia abdimii).

Klára KOŠATOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Abdim's Stork (Ciconia abdimii).

Abstract:

V této bakalářské práci jsem se zabývala hledáním polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa simbila (Ciconia abdimii). V teoretické části jsem se věnovala vývoji a změnám taxonomického zařazení čápa simbila do systému ptáků, dále jsem popsala řád čápi (Ciconiiformes), do kterého je v současnosti řazena jediná čeleď čápovití (Ciconiidae). Popsala jsem mikrosatelity, jako molekulové markery a zaměřila jsem se na charakteristiku mikrosatelitů navržených pro řád tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů. V praktické části jsem provedla cross-species PCR amplifikaci celkem 173 mikrosatelitů na genomické DNA šesti nepříbuzných jedinců čápa simbila, s cílem nalezení polymorfních mikrosatelitních lokusů. 113 párů primerů bylo původně navrženo pro amplifikaci mikrosatelitů od zástupců z řádu tučňáci a 60 párů primerů pro amplifikaci univerzálních ptačích mikrosatelitů, z toho 36 párů primerů pro amplifikaci EST ptačích mikrosatelitů a 24 pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Získala jsem celkem 21 polymorfních mikrosatelitních lokusů, za použití 14 párů primerů původně navržených pro pět druhů tučňáků, čtyři páry primerů pro EST ptačí mikrosatelity a tři páry primerů pro konzervované ptačí mikrosatelity. Nalezené polymorfní mikrosatelity měly od dvou do devíti alel na lokus.

Abstract:

In this bachelor thesis I focused on searching for polymorphic microsatellite loci for Abdim's Stork (Ciconia abdimii). In the theoretical part I concentrated on the development and changes of the Abdim's Stork classification within the current system of birds. Further I characterized the order Ciconiiformes which currently contains only one family Ciconiidae. I described microsatellites and their role as molecular markers with the emphasis on characteristics of pairs of primers designed for the amplification of microsatellites of order penguins and universal avian microsatellites. In the experimental part I did cross-species PCR amplifications of totally 173 microsatellites on the genomic DNA of 6 unrelated individuals of Abdim's Stork with the goal of determining polymorphic microsatellite loci. Originally 113 pairs of primers were constructed for the amplification of microsatellites of penguin species and 60 pairs of primers for the amplification of universal avian microsatellites, of which 36 primer pairs were designed for amplification of EST avian microsatellites and 24 pairs of primers for amplification of conserved avian microsatellites. I determined 21 polymorphic microsatellite loci in total by utilization of 14 pairs of primers originally designed for 5 penguin species, 4 pairs of primers for EST bird microsatellites and 3 pairs of primers for conserved bird microsatellites. The number of alleles ranged from 2 to 9 per locus.

Keywords

čáp simbil, Ciconia abdimii, tučňák, cross-species PCR amplifikace, DNA, mikrosatelit

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 7. 2020

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology