Modelling of signalling pathways of growth factors in BNGL

Bc. Daniel Bartulec

Bachelor's thesis

Abstract:

Tématem této práce je úvod do problematiky ohledně Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) signální dráhy. Popsána je také Mitogen-Activated Protein Kinase (MAPK) dráha, která je aktivovaná dráhou EGFR. V další části práce jsou představeny klasické a rule-based modely zkoumající EGFR dráhu. Tyto modely jsou navzájem divergentní nebo využívají různých abstrakcí. Z tohoto důvodu je představený nový rule-based model zachycující potřebnou komplexitu EGFR dráhy. Tento nový model je napsán v jazyce BNGL a simulován v nástroji RuleBender. Později je diskutována pulsní i trvalá odezva, kterou je tento model schopen generovat.

Abstract:

This thesis compiles the information about the Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) pathway and its subsequent activation of other downstream signalling pathways. Specific focus is given to the Mitogen-Activated Protein Kinase (MAPK) pathway. In the next part of the thesis, non-rule-based and rule-based EGFR signalling models are presented. These models are divergent from one another or contain various abstractions. For this reason, a new model is created in the BioNetGen language. This model considers all the necessary complexity of the EGFR signalling, and its behaviour is then simulated using the RuleBender software. Lastly, the transient and sustained response of the model is discussed.

Keywords

rule-based modelling, EGFR signalling pathway, RuleBender, BNGL

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 29. 6. 2022
• Supervisor: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Reader: RNDr. Samuel Pastva

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics