Molekulárně-biologická diagnostika John Cunningham viru z klinického materiálu

Lucie Jeřábková

Bachelor's thesis

The molecular diagnostics of JC virus from clinical specimens

Abstract:

JC virus (John Cunningham virus) patří mezi polyomaviry vyskytující se u člověka. Celosvětová promořenost je odhadována přibližně na 80 % lidské populace. Infekce se vyskytuje od dětství a dále se v průběhu života neprojevuje. Primární infekce JCV je zpravidla asymptomatická. K reaktivaci viru dochází při imunosupresi, a to způsobuje progresivní multifokální leukoencefalopatii (PML). Nejpoužívanější metodou detekce JCV je polymerázová řetězová reakce (PCR). Detekce virové nálože JCV je možná z klinických materiálů, představujících krev, moč, sérum, plazmu a mozkomíšní mok (CSF). V klinické diagnostice se používají in vitro testy založené na metodě qPCR. Bakalářská práce zahrnuje literární rešerši, ve které jsou shrnuté základní informace o JC viru, jaká onemocnění způsobuje a jak jej lze detekovat. Experimentální část bakalářské práce je zaměřena na otestování klinického materiálu, který představoval moč. Celkem bylo otestováno 49 vzorků moči pomocí diagnostické soupravy GeneProof JC Virus (JCV) PCR Kit. Jako referenční metoda byla použita RealStar® JCV PCR Kit 1.0 (Altona). V rámci statistického vyhodnocení byla stanovena senzitivita a specifita diagnostické soupravy. Testy nevykazovaly žádné falešně pozitivní a falešně negativní výsledky. Na základě vyhodnocených výsledků lze diagnostickou soupravu GeneProof JC Virus (JCV) PCR Kit považovat za vhodnou metodu ke stanovení JCV DNA.

Abstract:

JC virus (John Cunningham virus) is one of the polyomaviruses found in humans. Global penetration is estimated at approximately 80 % of the human population. The infection occurs from childhood and does not manifest itself during life. The primary JCV infection is usually asymptomatic. Virus reactivation occurs during immunosuppression and it causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML). The most widely used method of detection JCV is polymerase chain reaction (PCR). Detection of the JCV viral load is possible from clinical materials, blood, urine, serum, plasma and cerebrospinal fluid (CSF). In vitro tests based on the qPCR method are used in clinical diagnostics. The bachelor thesis includes a literary research, which summarizes basic information about JC virus, what causes the diseases and how it can be detected. Experimental part of the bachelor thesis is focused on testing the clinical material that represented urine. Total of 49 urine samples were tested using the GeneProof JC Virus (JCV) PCR Kit. RealStar® JCV PCR Kit 1.0 (Altona) was used as a reference method. Within the statistical evaluation, the sensitivity and specificity of the diagnostic kit were determined. Tests did not show false positive and false negative results. Based on evaluated results, the GeneProof JC Virus (JCV) PCR Kit can be considered appropriate method for the determination of JCV DNA.

Keywords

JC virus, detekce JCV, Progresivní multifokální leukoencefalopatie (PML), PCR, diagnostická souprava, Real-time PCR

Keywords

JCV detection, PCR, Real-time PCR, JC virus, Progressive multifocal leukoencefalopathy (PML), diagnostic kit

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 9. 6. 2022
• Supervisor: Mgr. Eva Jansová, Ph.D.
• Reader: Marija Kaevska, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / field:
Agrobiology / Molecular biology and biotechnology