Identification of Chemical Bonds in Proteins

Mgr. Jaromír Svoboda

Bakalářská práce

Anotace:

Struktura proteinů (a jiných biochemických sloučenin) je často reprezentována prostřednictvím Protein Data Bank (PDB) formátu. Nedostatkem tohoto formátu je, že neobsahuje informace o vazbách mezi atomy. Tyto informace jsou nicméně důležité z hlediska další analýzy proteinů. Cílem této práce je navrhnout, implementovat a otestovat algoritmus, který je schopen na základě informací obsažených v PDB formátu určit, mezi kterými atomy existuje vazba a o jaký druh vazby se jedná. Aby byl implementovaný algoritmus dostatečně rychlý, je nezbytné použít pokročilé datové struktury. Za tím účelem jsou implementovány a porovnány dvě varianty oktetového a kD stromu.

Abstract:

The structure of proteins (and other biochemical compounds) is often described using Protein Data Bank file format. The major drawback of the format is the lack of bond information as such information is frequently used in various protein analysis algorithms. This thesis is focused on developing an algorithm to determine the bonding information (i.e. which atoms form a bond and what kind of bond it is) from the data contained in PDB file format. Such algorithm was implemented and tested.For the algorithm to be sufficiently fast, it is necessary to use advanced data structures. Two variants of octree and kd-tree were implemented, tested and compared.

Keywords

PDB file format, bond identification, multidimensional data structure, octree, kd-tree

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 6. 2012
• Vedoucí: RNDr. David Sehnal, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika