Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu veslonozí a plameňáci u nesyta bílého (Mycteria cinerea)

Alžběta NĚMEČKOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Pelecaniformes and Phoenicopteriformes in milky stork (Mycteria cinerea).

Abstract:

V této bakalářské práci jsem hledala nové polymorfní mikrosatelitové markery pro nesyta bílého (Mycteria cinerea) použitím metody cross-species PCR amplifikace. V teoretické části bakalářské práce jsem se zabývala popisem řádu brodiví a jeho jednotlivých čeledí, ze kterých jsem se nejvíce věnovala čápovitým, do kterých patří nesyt bílý. Dále jsem popsala repetitivní sekvence, přičemž jsem se nejvíce soustředila na mikrosatelity, jejich dělení, mutace, využití a navrhování de novo, dále jejich použití u řádu brodiví a problémy při hodnocení. V praktické části jsem hledala polymorfní mikrosatelitové lokusy na genomické DNA vyizolavané z 5 jedinců nesyta bílého s použitím metody cross-species PCR amplifikace. Otestováním všech 206 dosud nalezených párů primerů pocházejících od zástupců řádů plameňáci a veslonozí jsem nalezla u nesyta bílého 19 polymorfních mikrosatelitových lokusů. Z nich bylo 8 odvozeno od 2 druhů z řádu plameňáci a 11 od 7 druhů z řádu veslonozí. Počet alel se pohyboval od 2 do 4.

Abstract:

In this bachelor thesis I was looking for a new polymorphic microsatellite markers for Milky Stork (Mycteria cinerea) using the method of cross-species PCR amplification. In the theoretical part of the thesis I focused on describing the order Ciconiiformes and its families, of which I have most devoted of storks to which they belongs Milky Stork. I described repetitive sequences, while I most focused on microsatellites, their division, mutations, using and designing de novo, as well as their use in order Ciconiiformes and problems in the scoring. In the practical part I was looking for polymorphic microsatellite loci on genomic DNA izolated of five individuals Milky Storks using the method of cross-species PCR amplification. By testing all 206 primer pairs derived from representatives of the order Pelecaniformes and Phoenicophormes. I totally found for Milky Stork 19 polymorphic microsatellite loci. Of these, 8 were derived from two spicies of order Phoenicophormes and 11 microsatellites from 7 species of the order Pelecaniformes. Number of alleles ranged from 2 to 4.

Keywords

cross-species PCR amplifikace, mikrosatelelit, nesyt bílý (Mycteria cinerea)

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2014

Accessible from:: 12. 5. 2014

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology