Štúdium polymorfizmov v géne MC1R vo vzťahu k variabilite zafarbenia u rôznych živočíchov

Jana Reháková

Bachelor's thesis

Tato bakalářská práce se zabývá problematikou zkoumání variability genu MC1R pomoci polymorfismu.

Anotácia:

Tato bakalářská práce se zabývá problematikou zkoumání variability genu MC1R pomocí polymorfismů. V první části je popsán základní přehled genetického zbarvení a ucelený přehled genu MC1R. Práce se dále věnuje popisu polymorfismů v genu MC1R u velblouda jednohrbého (Camelus dromedarius ), sovy pálené ( Tyto alba), křepelky čínské (Coturnix japonica). Druhá část popisuje ucelený přehled biologických databází. Třetí část práce se věnuje popisu tvorby fylogenetických stromů a jejich následné rekonstrukci.Pro tvorbu fylogenetického stromu byl využit program MEGAX a byly zvoleny metody Maximum Likelihood (ML) se substitučním modelem HKY+G a Neighbour-joining (NJ). Na závěr byly fylogenetické stromy popsané.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the issue of recognizing gene MC1R variability using polymorphism. In the first part of this thesis basic overview of genetic colouring and whole overview of gene MC1R is described. The thesis emphasizes description of polymorphism in gene MC1R of dromedary (Camelus dromedarius), barn owl (Tyto alba) and japanese quail (Coturnix japonica). The following part of this work is dedicated to the biologic databases overview. The third part is focused on the creation of phylogenetic trees and their reconstruction. The program MEGAX was used for creation of phylogenetic tree using Maximum Likelihood (ML) method with substitute model HKY+G and Neighbor-joining (NJ) method. In the end were phylogenetic tree describen.

Abstract:

Táto bakalárska práca sa zaoberá problematikou poznania variability génu MC1R pomocou polymorfizmov. V prvej časti práce je popísaný základný prehľad genetického sfarbenia a ucelený prehľad génu MC1R. Práca sa ďalej venuje popísaniu polymorfizmov v géne MC1R u ťavy jednohrbej (Camelus dromedarius), plamienky driemavej (Tyto alba) a prepelice čínskej (Coturnix japonica). Druhá časť popisuje ucelený prehlaď biologických databáz. Tretia časť práce sa venuje popísaniu tvorby fylogenetických stromov a ich následnej rekonštrukcii. Pre tvorbu fylogenetického stromu bol použitý program MEGAX a boli zvolené metódy Maximum Likelihood (ML) so substitučným modelom HKY+G a Neighbor-joining (NJ). Na záver boli fylogenetické stromy popísané.

Kľúčové slová

genetika zbarvení, MC1R, polymorfizmus, biologické databáze, fylogenetický strom

Keywords

colouring genetics, MC1R, polymorphism, biologic databases, phylogenetic tree

Kľúčové slová

genetika sfarbenia, MC1R, polymorfizmus, biologické databázy, fylogenetický strom

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 4. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: prof. Ing. Tomáš Urban, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / odbor:
Agrobiology / Molecular biology and biotechnology