Separace krátkých oligonukleotidů ve vybraných módech vysokoúčinné kapalinové chromatografie

Mgr. Jan Fiala

Bachelor's thesis

Separation of short oligonucleotides in selected modes of high-performance liquid chromatography

Abstract:

Cílem této bakalářské práce bylo studium retenčního mechanismu modelových směsí trinukleotidů pomocí hydrofilní interakční chromatografie s elektrostatickou repulzí (ERLIC). V tomto módu na rozdíl od hydrofilní interakční chromatografie (HILIC) převládají iontové interakce nad hydrofilními. Studium retenčního chování analytů bylo provedeno na koloně PolyWAX LP™, jejíž stacionární fáze je tvořena lineárním polyethyleniminem (PEI). Jako proměnné parametry byly zvoleny koncentrace pufru a objemová procenta organického modifikátoru v mobilní fázi. První část této práce se zabývá studiem a možnostmi separace nukleových bází a srovnáním jejich retenčního chování se směsí jednotlivých nukleotidů. Další část je zaměřena na separace směsí trinukleotidů, kde byl studován vliv jednotlivých nukleotidů a jejich sekvence.

Abstract:

This bachelor thesis is focused on studying the retention mechanism of trinucleotides model mixtures. The analysis was performed using hydrophilic interaction chromatography with electrostatic repulsion (ERLIC) where in contrast with hydrophilic interaction chromatography (HILIC) majority of interactions is ionic instead of hydrophilic. The study of retention behaviour of analytes was performed on column PolyWAX LP™ whose stationary phase is formed by linear polyethylenimine (PEI). As variable parameters in performed experiments buffer concentration and percent volume of organic modifier in the mobile base were chosen. First part of this thesis deals with the study and possibility of separation of nucleic bases and comparing their retention behaviour with mixture of single nucleotides. The following part of this thesis is focused on the separation of mixtures of trinucleotides where the influence of single nucleotides and their sequences was studied.

Keywords

Vysokoúčinná kapalinová chromatografie, HPLC, hydrofilní interakční chromatografie s elektrostatickou repulzí, ERLIC, trinukleotidy, retenční chování, High performance liquid chromatography, electrostatic repulsion hydrophilic interaction chromatography, trinucleotides, retention behavior

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 29. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 23. 6. 2015
• Supervisor: Mgr. Miroslava Bittová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Chemistry / Chemistry