Využití dat získaných celogenomovým sekvenováním pro charakterizaci a typizaci klinicky významných multirezistentních bakterií

Bc. Jana Hansliková

Diplomová práce

Characterisation and molecular typing of clinically significant multiresistant bacteria using whole-genome sequencing data

Anotace:

Jednou z hlavních komplikací při hospitalizaci pacientů jsou infekce spojené s nemocniční péčí. Velkou hrozbou pro pacienty a zdravotnický personál po celém světě jsou infekce spojené se zdravotní péčí. Studium diverzity bakteriálních populací pomocí genomových analýz je jedním z klíčových pilířů pro kontrolu a prevenci těchto infekcí. Celogenomové sekvenování (WGS) je jednou z nejnovějších metod genomových analýz využívající znalosti sekvence celého genomu studovaných bakterií. Pomocí WGS jsme schopni nejen identifikovat původce infekce a charakterizovat jeho genom, ale také detekovat geny rezistence a virulence. Oproti jiným metodám je metoda WGS více diskriminativní a zároveň má velkou mezilaboratorní reproducibilitu.

Abstract:

Infections associated with hospital care are one of the main complications in hospitalization. Healthcare-associated infections are a major threat to patients and medical staff worldwide. One of the key pillars for monitoring and preventing these infections is the study of diversity of bacterial populations using genomic analysis. Whole genome sequencing (WGS) is one of the latest methods of genomic analysis using knowledge of the entire genome sequence of the bacteria studied. We are not only able to identify the cause of the infection and characterize its genome, but also to detect resistance and virulence genes using WGS. WGS method is more discriminative when compared to other methods and has a broad interlaboratory reproducibility.

Klíčová slova

WGS, ISZP, multirezistentní bakterie, Illumina, MinION, charakterizace bakteriálních populací, MLST, HAIs, MDR bacteria, characterization of bacterial populations

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 6. 2022
• Vedoucí: Mgr. Matěj Bezdíček, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Kateřina Snopková

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Mikrobiologie / Mikrobiologie