Možnosti odlišení fragmentů lidských kosterních pozůstatků a zvířecích kostí molekulárně biologickými metodami

Mgr. Lenka Falková

Diplomová práce

Differentiation of fragmentary human skeletal remains and animal skeletal material by methods of molecular biology

Anotace:

Pro účely rozlišení lidského nebo zvířecího původu vzorku kostí byla vybrána metoda mnohonásobné PCR, kdy v jednom kroku dochází k amplifikaci dvou cílových úseků mtDNA – 309 bp dlouhého fragmentu genu pro cytochrom b a 259 bp dlouhého fragmentu D-smyčky hypervariabilní oblasti. Následně bylo provedeno elektroforetické zobrazení výsledků amplifikace na agarózovém gelu. V případě lidského původu vzorku jsou na gelu viditelné dva signály, v případě zvířecího původu pouze jeden z nich (cytochrom b). Reakce byla úspěšně optimalizována v Laboratoři biologické a molekulární antropologie pro vzorky recentní DNA. U vzorků historických pozůstatků byla metoda spolehlivá pouze pro lidské vzorky aDNA. Pro historický kosterní materiál zvířecího původu se uváděná metoda neosvědčila, důvodem byla přednostní amplifikace kontaminující DNA lidského původu. Pro druhovou determinaci kosterních pozůstatků (pouze pro určení původu lidského nebo non-humánního) lze proto doporučit použití jiné více senzitivní rozlišovací metody. Nelze ovšem opomenout význam důležitosti protikontaminačních opatření. Bylo použito několik postupů pro eliminaci kontaminace zvířecích kosterních pozůstatků lidskou DNA. Nejlepší výsledek byl dosažen po sterilním vyzvednutí kostí přímo na archeologickém nalezišti s důsledně dodržovanými protikontaminačními postupy již v terénu, okamžitém převozu nálezu do laboratoře a neprodleném následném zpracování. Ukázalo se, že tento postup může poskytovat lepší a spolehlivější výsledky analýz aDNA než u skladovaných vzorků v depozitu.

Abstract:

A multiplex amplification was chosen for species determination of bones of human or non-human origin. Amplification of both cytochrom b (309 bp) and hypervariable D-loop (259 bp) of mitochondrial DNA is possible in a single-round PCR. Following the amplification step, amplicons are screened on an agarose gel. The presence of two bands indicates a human origin, the presence of one band indicates that the sample is non-human. This multiplex PCR was optimized for samples of modern DNA, while for samples of ancient DNA it was successful only in human bones. The ancient skeletal remains of non-human origin are not suitable for application of this method because of preferential amplification of endogenous human DNA. I suggest that an application of more reliable and more susceptible method for identification human or non-human origin of ancient skeletal remains should be used. The contamination is a great problem in work with the aDNA. Analyses using several methods were carried out to minimize contamination of animal samples by human DNA. However, the most reliable results were obtained after an aseptic excavation of skeletal remains which were immediately transported to the laboratory and subsequently analysed. I would recommend using aseptically excavated skeletal material to the one strored in deposits.

Klíčová slova

aDNA, historická DNA, druhová determinace, zvířecí kosti, Ancient DNA, Species determination, Animal bones

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2012
• Vedoucí: doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární biologie a genetika