Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu trubkonosí u čápa bílého (Ciconia ciconia)

Petra KRŇÁVKOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Procellariiformes in White Stork (Ciconia ciconia)

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá hledáním polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa bílého (Ciconia ciconia) pomocí cross-species PCR amplifikace. Teoretická část se věnuje fylogenezi a charakteristice řádu brodiví a čeledi čápovití, dále popisu čápa bílého, jeho rozšíření a rozmnožování. V další kapitole jsou charakterizovány mikrosatelity a v neposlední řadě jednotlivé polymorfní mikrosatelity u druhů z řádu trubkonosí, které byly cross-species PCR testovány u čápa bílého. Experimentální část se zaobírá cross-species PCR amplifikací s použitím 213 párů primerů, kdy 207 pocházelo od zástupců z řádu trubkonosí, 5 od zástupců z řádu dlouhokřídlí a 1 z řádu pěvci. Tyto mikrosatelitní lokusy byly testovány na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého. Pomocí cross-species PCR amplifikace jsem nalezla 18 polymorfních mikrosatelitních lokusů s počtem alel od dvou do šesti. Mikrosatelitní lokus Paequ2 neposkytl žádný produkt. Zbývajících 194 lokusů poskytlo produkt monomorfní.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the search for polymorphic microsatellite loci in white storks (Ciconia ciconia) using cross-species PCR amplification. The theoretical part deals with the phylogeny and characteristics of the order of Ciconiiformes and family Ciconiidae, further there is a description of the white stork, its distribution and reproduction. The next chapter characterizes microsatellites and polymorphic microsatellites in species from the order of the Procellariiformes, which were cross-species PCR tested in white storks. The experimental part deals with cross-species PCR amplification using 213 pairs of primers, 207 of which were from species of the order Procellariiformes, 5 from species of the order Charadriiformes and 1 from the order Passeriformes. These microsatellites were tested on the genomic DNA of 6 unrelated white storks individuals. Using cross-species PCR amplification, I found 18 polymorphic microsatellite loci with number of alleles ranged from 2 to 6. Microsatellite loci Paequ2 did not amplified product. The remaining 194 loci gave the product monomorphic.

Keywords

Čáp bílý, mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, Ciconia ciconia, trubkonosí

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 7. 2021

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology