Insight into the structure of tetrameric flavoprotein WrbA involved in oxidative-stress response

Mgr. Julie WOLFOVÁ

Doctoral thesis

Anotácia:

Tato doktorská práce je zaměřena na strukturní charakterizaci specifické rodiny tetramerních flavoproteinů WrbA, jejichž úloha v živých organismech je do značné míry neznámá, ale zjištěná enzymatická aktivita a podmínky proteinové exprese indikují tyto proteiny jako součást obranných mechanismů proti oxidativnímu stresu. Nově zjištěná funkce dvouelektronové redukce chinonů je podobně jako u funkčně homologních proteinů, chinonových oxidoreduktáz, spojována s ochranou buňky proti tvorbě volných radikálů. V této práci byly určeny krystalové struktury prototypního proteinu WrbA z bakterie Escherichia coli, v ligandované a neligandované formě. Srovnávací analýzy určených struktur proteinu WrbA se strukturami příbuzných flavoproteinů umožnily identifikaci a interpretaci strukturních vlastností, které definují rodinu proteinů WrbA, a zároveň vedly k objasnění strukturně-funkčních vztahů s ostatními typy flavoproteinů.

Abstract:

This Ph.D. thesis addresses the structural characterization of the unique family of tetrameric flavoproteins WrbA, the role of which in the life of cells is still largely unknown but its enzymatic activity and expression properties implicate it in the cell protection against oxidative stress. Proteins of the WrbA family were proved to carry out two-electron reductions of quinones and in this way to prevent generation of the free radicals, similarly to other flavoproteins known as quinone oxidoreductases. Crystal structures of the liganded and unliganded forms of the prototypical WrbA from Escherichia coli were determined. Comparative analyses of these structures with the related flavoproteins were intended to identify and explain the defining structural features of the WrbA family and to clarify its structural and functional relationships to the other flavoproteins.

Kľúčové slová

proteinová struktura, flavoprotein, chinonová oxidoreduktáza, tetramerizace, elektronový transport, krystalizace proteinů, roentgenová krystalografie

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 6. 2012

Zverejniť od: 15. 6. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 9. 2012
• Vedúci: doc. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Science

Doctoral programme / odbor:
Biophysics / Biophysics