Metoda SWATH-MS a její využití v proteomické analýze nádorů prsu

Mgr. Petr Lapčík

Bachelor's thesis

SWATH-MS method and its application in proteomics analysis of breast cancer

Anotácia:

Předložená bakalářská práce se zabývá hmotnostně spektrometrickou metodou SWATH, jež se používá v proteomickém výzkumu ke kvantifikaci až tisíců proteinů v jednom analyzovaném vzorku. Teoretická část práce popisuje princip metody SWATH od zpracování vzorku, separace peptidů pomocí kapalinové chromatografie, ionizace nanosprejem a samotné analýzy na hmotnostním spektrometru až po zpracování naměřených dat pomocí software PeakView a Spectronaut. V experimentální části se tato práce věnuje srovnávací kvantifikaci proteinů obsažených v metastatickém a nemetastatickém vzorku karcinomu prsu subtypu Luminal A, zpracování naměřených signálů v software PeakView a Spectronaut, porovnání jednotlivých výstupů a určení rozdílů mezi těmito výstupy.

Abstract:

This thesis focuses on the mass spectrometric method called SWATH (sequential window acquisition of all theoretical fragment-ion spectra), that is used in proteomics research for quantification of thousands of proteins in one analyzed sample. Theoretical part of this thesis describes the principle of the SWATH method from processing the samples, peptide separation with liquid chromatography, nanospray ionization and analysis on the mass spectrometer till the data processing with PeakView and Spectronaut software. Experimental part of this thesis focuses on comparative quantification of proteins contained in metastatic vs. non-metastatic luminal A breast cancer tissues, data processing in PeakView and Spectronaut software, comparison of obtained outputs and defining the differences between them.

Kľúčové slová

SWATH, biomarker, hmotnostní spektrometrie, Spectronaut, PeakView, proetomika, karcinom prsu, kvantifikace, DIA, mass spectrometry, proteomics, breast cancer, quantification

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2015
• Vedúci: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry