Studium RNA-interakčního místa pomocí výpočetních metod a nukleární magnetické rezonance

Bc. Pavel Kohl

Diplomová práce

Computational and NMR study of RNA-intercting site

Anotace:

Tato diplomová práce studuje možnosti dokovacích nástrojů a molekulové dynamiky při studiu interakčního místa PAZ domény Argonaute proteinu v RNA interferenci. Pomocí výpočetních programů, které jsou voleny s ohledem na rozdílné přístupy hodnocení a molekulového dokování, se zaměřuje na vybrání vhodných ligandů z mnoha databázových struktur. U nalezených kandidátů byl vyhodnocen společný farmakofor a vybrané ligandy budou dále studovány pomocí experimentálních metod, a v budoucnu by mohly pomoci při vývoji nových léčiv. Diplomový práce v závěru porovnává samotné dokovací programy a jejich výkonnost či výpočetní náročnosti a naznačuje, kterým směrem by se měl výzkum interakce PAZ domény ubírat.

Abstract:

This thesis studies the possibility of docking and molecular dynamics tools in the study of the interaction space PAZ domain in RNA interference. Using the computing applications, which are chosen with regard to different methods of classification and molecular docking, the thesis is focusing on choosing proper ligands from many database structures. A common pharmacophor was analysed among found candidates, chosen ligands will be then studied using experimental methods and in future, this may help indevelop drugs novas. In the conclusion, the thesis compares docking applications itselves as well as their efficiency and computational demands, and implies the way that research of PAZ domain interaction should develop in future.

Klíčová slova

RNA interference, Molekulární dokování, PAZ doména, Ligand, NMR, Vazebné interakce

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 16. 6. 2014
• Vedoucí: Mgr. Karel Kubíček, PhD.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika