Využití molekulárních markerů k rekonstrukci rodokmene polosesterských potomstev třešně ptačí

Bc. Michaela Jirková

Master's thesis

Use of molecular markers for pedigree reconstruction of wild cherry half-sib progenies

Abstract:

Cílem práce bylo s využitím mikrosatelitových markerů provést rekonstrukci rodokmene jedinců třešně ptačí (Prunus avium L.) pěstovaných pro potřeby založení výsadby polosesterských potomstev, tj. ověřit evidenční příslušnost matky a dohledat otce mezi klony zastoupenými v semenném sadu, případně odhalit paternální gametickou kontaminaci. Technicky došlo k převodu jedinců polosesterského potomstva na potomstvo plnosesterské. V rešeršní části byl proveden literární rozbor zaměřený na problematiku rekonstrukce rodokmene pomocí molekulárních markerů a rozebrána teorie šlechtitelského cyklu se zaměřením na testy potomstev, společně s popisem třešně ptačí jako druhu např. její morfologií, rozšíření či ekologií. Studie byla provedena na materiálu ze semenného sadu Obrovice, vlastník VLS s. p. (rodičovská populace) a sazenic vypěstovaných z těchto jedinců pro potřeby založení polosesterského testu potomstev v lesní školce Lhota. V rámci vlastní výzkumné části byl proveden sběr vzorků, a to všech klonů rodičovské populace a 268 jedinců z potomstva evidenčně rovnoměrně příslušných mateřským klonům. Následně byla izolována DNA, provedena mikrosatelitová analýza na 16 polymorfních lokusech a realizována genotypizace pomocí softwaru GeneMarker a následná rekonstrukce rodokmene v softwaru Cervus. Rekonstrukce rodokmene byla úspěšně realizována a získaná informace o otcovském gametickém příspěvku umožnila faktické převedení sazenic rozpěstovaných ve formě polosesterského potomstva tj. s evidencí mateřského jedince do plnosesterského potomstva, což je interpretováno v závěru. Znalost rodokmene bude v bu založeného potomstva a umožní významné urychlení celého šlechtitelského cyklu, protože zde byla využita metoda Breeding with Breeding.

Abstract:

The aim of my master thesis was to reconstruct the pedigree of wild cherry (Prunus avium L.) half sib progeny using microsatellite markers. The cherries (Prunus avium L.) are grown for the purpose of establishing plantations half-sib progeny, to verify the registration of mother and traced his father between the clones represented in the seed orchards, or reveal paternal gamete contamination. Technically there is a transfer of individuals half-sib offspring to full-sib offspring. Literary analysis was performed focusing on the issue of pedigree reconstruction using molecular markers and the theory of the breeding cycle focusing on offspring testing was incorporated. The study was conducted on material from the seed orchard Obrovice, owner VLS s. p. (Parental population) and seedlings grown from these individuals for the purpose of establishing half-sib offspring testing in the forest nursery Lhota. As part of their research were collected samples, all clones of parental populations and 268 individuals from the offspring recording evenly respective parent clones.Subsequently DNA was isolated. Microsatellite analysis was performed on 16 polymorphic loci and realized the pedigree reconstruction using software GeneMarker and software Cervus. Results are recorded at the end and progeny structure was described in detail. Pedigree knowledge will continue to be used in the future in genetic evaluation of individuals based offspring and enables significant acceleration of the whole of the breeding cycle.

Keywords

DNA markery, rekonstrukce rodokmene, kontaminace, třešeň ptačí

Keywords

DNA markers, reconstruction of the pedigree, contamination, wild cherry

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 4. 2017

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Jiří Korecký, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Forestry and Wood Sciences

Master programme / field:
Forestry Engineering / Forest Engineering