Optimalizace detekce klíčových genů biosyntetických drah alkaloidů u máku

Bc. Sára SOUČKOVÁ

Master's thesis

Optimization of PCR detection of biosynthetic alkaloid pathway genes in opium poppy

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá vytvořením schéma biosyntetické dráhy vybraných alkaloidů máku setého, návrhem primerů pro vybrané geny a optimalizací PCR reakce těchto genů pro amplifikaci a následné sekvenování co nejdelších fragmentů. Optimalizace PCR reakce byla provedena pro geny 7OMT, TMNT a CODM, které se podílejí na biosyntetické dráze morfinu, kodeinu, papaverinu, noskapinu a sanguinarinu. Každý gen byl rozdělen na polovinu a primery byly navrženy samostatně pro každou polovinu genu. Celkem bylo navrhnuto 13 párů primerů. Optimalizováno bylo pět párů primerů pomocí gradientové PCR a gelové elektroforézy. Tyto primery byly použity pro sekvenační analýzu.

Abstract:

The thesis deals with the creation of the biosynthetic pathways of selected alkaloids of opium poppy. Then is following the design primers for selected genes and optimization of PCR reaction of these genes for amplification and sequencing of the longest fragments. The PCR reaction was optimized for the 7OMT, TNMT and CODM genes. These genes are involved in biosynthetic pathways of morphine, codeine, papaverine, noscapine and sanguinarine. Each gene was split in half. The primers were designed separately for each half of the gene. Altogether were designed 13 pairs primers. 5 pairs primers were optimized by gradient PCR and gel electrophoresis. These primers were used for sequencing analysis.

Keywords

mák setý, biosyntetická dráhy, alkaloidy, primery, PCR

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Irena Hoštičková

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Agriculture

Master programme / field:
Agriculture Engineering / Agricultural Biotechnology