Vývoj nástroje pro online administraci biochemického prostoru

Bc. Milan Mikuš

Master's thesis

Development of a tool for online maintenance of biochemical space

Anotácia:

V tejto magisterskej práci popisujem požiadavky, návrh, architektúru a implementáciu nástroja na online správu Biochemického priestoru. Biochemický priestor je formálne definovaný rámec, ktorý slúži na popis modelov biochemických reakcií. Súčasťou tohoto nástroja je aj editor Biochemického jazyka, ktorý poskytuje zvýrazňovanie chýb a inteligentné ofarbovanie výrazov.

Abstract:

In this thesis, I describe requirement specification, design, and architecture as well as implementation details of an online administration tool for the Biochemical Space. The Biochemical Space formally defended framework for describing reaction networks of biological systems and linking them to other knowledge bases. A notable part of the administration system is an editor that provides semantic coloring and error reporting. The goal of the administration system is to provide contributors and maintainers with a tool that makes their work easier and at the same time keeps the biochemical space database consistent by preventing duplicitous entries and user errors.

Keywords

biologické systémy, systémová biológia, Biochemický priestor, Jazyk biochemického priestoru, nástroj na správu, informačný systém, softvér, biological systems, systems biology, biochemical space, biochemical space language, administration tool, information system, software

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2018
• Vedúci: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Jakub Šalagovič

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics