Analysis of the role of ALKBH5 in mRNA biogenesis via processing of RNAseq and iCLIPseq data

Bc. Hana Boháčová

Diplomová práce

Anotace:

Tato práce zkoumá regulační roli demethylázy N6-methyladenosinu (m6A) ALKBH5 při biogenezi lidské mRNA pomocí kombinace dat z metod RNA-seq a iCLIP-seq. Pro systematickou analýzu diferenciální genové exprese, alternativního sestřihu a interakcí proteinu s RNA byla vyvinuta a validována poloautomatizovaná bioinformatická pipeline. Validace a zkoumání robustnosti umožnily prostřednictvím multiomické integrace identifikovat vysoce spolehlivé regulační cíle. Tato práce poskytuje reprodukovatelný rámec pro zkoumání systémového dopadu ALKBH5 na zpracování mRNA.

Abstract:

This thesis investigates the regulatory role of the N6-methyladenosine (m6A) demethylase ALKBH5 in human mRNA biogenesis by integrating high-throughput RNA-seq and iCLIP-seq datasets. A semi-automated bioinformatics pipeline was developed and validated to systematically analyze differential gene expression, alternative splicing, and precise protein-RNA interaction sites. Validation and robustness benchmarking enabled the identification of high-confidence regulatory targets through multi-omic integration. This work provides a reproducible framework for investigating the systemic impact of ALKBH5 on mRNA processing.

Keywords

ALKBH5, m6A demethylase, iCLIP-seq, RNA-seq, Alternative splicing, mRNA biogenesis, Bioinformatics pipeline

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2026

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 16. 6. 2026
• Vedoucí: prof. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Monika Čechová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Umělá inteligence a zpracování dat / Bioinformatika a systémová biologie