Organizace a vizualizace anotací výpočetního modelu sinice

Mgr. Tadeáš Děd

Bakalářská práce

Organization and visualization of cyanobacteria annotation and modelling space

Anotace:

Práce úzce souvisí s vývojem webu e-cyanobacteria.org, který by v budoucnu měl představovat jedinečnou platformu pro zpracování a analýzu výpočetních modelů sinice. V první části práce je připomenuto dosavadní řešení hierarchického rozdělení procesů probíhajících v různých organismech a řešení organizace výpočetních modelů. Na tomto základě a na základě diskusí se členy CyanoTeamu byla pro zmiňovaný web navržena organizace anotací výpočetních modelů a hierarchie procesů souvisejících s buňkou sinice. Dalším cílem bylo vytvořit vizualizace procesů do navigace respektující navrženou hierarchii, která bude spojená s anotacemi a uvede uživatele do širšího kontextu fungování buňky (procesní pohled) a přiblíží mu tak modelované procesy. Součástí práce je také implementace nástroje, který slouží k tvorbě a úpravě zmiňované navigace.

Abstract:

This thesis is closely related to development of web platform e-cyano- bacterium.org, which in future should represent unique platform for managing and analysis of computational model of cyanobacterium processes. At the beginning of the thesis, we describe existing solutions of hierarchical organisation of biological processes in living organisms and organisation of annotations for computational models. Based on this research and on discussions with members of CyanoTeam the organisation of annotations of computational model and hierarchy of cyanobacterium processes was proposed. Next aim was to create visualisation of processes, which are essential part of navigation that respects proposed hierarchy. Navigation and its visualisation should be connected with annotations and lead platform user through functions and processes of cyanobacteria (process view).\\Last but not least aim of this thesis was to implement tool for maintenance of mentioned navigation and its visualisation and connections with anotation space.

Klíčová slova

Anotace modelu, vizualizace, navigace, hierarchie, organizace, biologický proces, sinice.

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 1. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 2. 2013
• Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Matej Klement

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika