Analýza molekulových pohybů pomocí mapování funkcí spektrální hustoty

Mgr. Vojtěch Zapletal

Bachelor's thesis

Analysis of molecular motions using spectral density mapping

Anotácia:

V této bakalářské práci se věnujeme metodám redukovaného mapování funkcí spektrální hustoty, které nám poskytují nezkreslený popis pohybů N-H a C-H vazeb různých biomolekul. Metody jsou založeny na analýze NMR relaxačních rychlostí naměřených při různých magnetických polích. Navržené metody jednoznačně rozlišují příspěvky pomalých výměn, na časové škále od mikro do milisekund, a rychlých pohybů trvajících piko až nanosekundy. V případě analýz C-13-H-1 spinových párů metody zcela odstraňují systematické chyby původního přístupu redukovaného mapování při jednom poli. Navržené metody byly aplikovány ke studiu pohybů RNA oligonukleotidu s UUCG smyčkou.

Abstract:

Methods of reduced spectral density mapping that provide unbiased description of motions of N-H and C-H bonds in various biomolecules were studied in this thesis. The methods are based on an analysis of NMR relaxation rates acquired at multiple magnetic fields. The proposed methods clearly separate effects of micro- to millisecond exchange from the pico- to nanosecond dynamics, and completely eliminate the large systematic errors of the analysis of C-13-H-1 spin pairs of the original reduced spectral density mapping protocol based on data measured at single field. The developed methods were applied to the studies of an RNA oligonucleotide including a UUCG loop.

Kľúčové slová

NMR, relaxace, dynamika, pohyby biomolekul, mapování funkcí spektrální hustoty, relaxation, dynamics, motions of biomoleculs, spectral density mapping

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2013
• Vedúci: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry