Molekulárně-genetické analýzy prognostických markerů chronické lymfocytární leukemie

Mgr. Barbara Kantorová, Ph.D.

Doctoral thesis

Molecular-genetic analyses of prognostic markers in chronic lymphocytic leukemia

Abstract:

Chronická lymfocytární leukemie patří mezi nejčastěji diagnostikované maligní lymfoproliferace dospělých. Toto onemocnění se vyznačuje značnou klinickou variabilitou, která je prokazatelně spojena s výskytem genomových defektů u nádorových buněk. Vyšetření přítomnosti rekurentních genových aberací umožňuje nejen zpřesnit prognózu CLL, ale často i lépe predikovat léčebnou odpověď nemocných. Náplní disertační práce byla analýza molekulárně-biologických markerů CLL s cílem navrhnout optimální metodiku pro detekci TP53 mutací a také zhodnotit klinický význam nově popsané hotspot mutace c.7541_7542delCT genu NOTCH1. V rámci posuzovaných konvenčních metodik se při stanovení TP53 mutací nejvíce osvědčily analýzy DHPLC a FASAY kombinované se Sangerovým sekvenováním, které rozpoznaly více než 90 % TP53-mutovaných pacientů. V případě detekce TP53 mutací vyskytujících se v méně než 10 % DNA ovšem naše data poukázala na význam použití NGS s vysokým pokrytím. Na základě vyšetření TP53-mutovaných pacientů bylo prokázáno, že u necelé pětiny z nich lze detekovat prognosticky nepříznivou hotspot mutaci genu NOTCH1. Dlouhodobé sledování NOTCH1-TP53-mutovaných pacientů včetně analýzy jednotlivých buněk odhalilo častý výskyt NOTCH1 a TP53 mutací ve stejných CLL klonech, které mohou odlišným způsobem reagovat na chemoimunoterapii. Závěry disertační práce přispěly k objasnění patogeneze CLL u pacientů s mutacemi genů TP53 a NOTCH1 a upozornily na význam použití citlivých metod při mutační detekci.

Abstract:

Chronic lymphocytic leukemia is the most common type of leukemia in adults. A clinical course of CLL is diverse and it could be associated with a presence of cancer genome defects. An analysis of the recurrent aberrations contributes to the CLL prognosis determination and prediction of treatment response. In this thesis, we have examined CLL patients to specify the optimal methodology for TP53 mutations' detection. Moreover, a clinical impact of hotspot c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation in CLL was assessed. Within conventional methods tested, DHPLC and FASAY analyses combined with Sanger sequencing showed the best results recognizing 90 % of TP53-mutated patients. However, for minor-clone TP53 mutations' detection, an ultra-deep NGS seems to be more appropriate. In the case of NOTCH1 gene, we have found a simultaneous occurrence of clinically relevant NOTCH1 hotspot mutation in 17 % of TP53-mutated patients. Analyzing these patients we proved, that NOTCH1 and TP53 mutations often coexist in the same CLL clones which might differently respond to chemo-immunotherapy. This study contributed to the clarification of CLL pathogenesis in patients carrying the NOTCH1 and TP53 mutations and showed the importance of sensitive and accurate methodology utilization for the mutation detection.

Keywords

CLL, gen NOTCH1, gen TP53, mutační analýza, DHPLC, NGS, analýza jednotlivých buněk, klonální evoluce

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 11. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 21. 12. 2015
• Supervisor: prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Medicine

Doctoral programme / field:
Oncology (4-years) / Oncology