Studium struktury a biofyzikálních vlastností proteinu, který se účastní procesingu pre-mRNA

Bc. Tomáš Nováček

Diplomová práce

Structural and biophysical studies of the protein involved in the 3’ processing of pre-mRNA

Anotace:

Celý tento projekt se zabývá terminací transkripce. Hlavní cíl tohoto projektu je určit 3D strukturu CTD interagující domény (CTD) proteinu Pcf11 v komplexu s Nrd1 interagujícím motivem (NIM) proteinu Trf4 s využitím Nukleární Magnetické Resonance (NMR) a softwaru na výpočet struktury. Souběžná měření Fluorescenční Anisotropie (FA) s bodovými mutanty obou proteinů posloužila k odhalení nebo potvrzení důležitosti jednotlivých reziduí zúčastněných této interakce. Následné pulldown experimenty byly provedeny za účelem objevení vytvoření heterodimeru proteinů Pcf11/Rtt103 zprostředkované jejich "Coiled-Coil" (CC) doménami. Získané výsledky přinesly nové poznatky o propojení terminace mediátorových a nekódujících RNA.

Abstract:

The whole project is concerned with transcription termination. The prime goal was to determine the 3D structure of Pcf11p's CTD interaction domain (CID) in a complex with Trf4p's Nrd1 interaction motif (NIM) by Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and structure calculation software. Simultaneous Fluorescence Anisotropy (FA) experiments of point mutants of both binding partners enabled us to show or prove the importance of individual residues involved in this interaction. Further pulldown experiments were set to discover the formation of Pcf11p/Rtt103p heterodimer carried out by their "Coiled-Coil" (CC) domains. Obtained results yielded new knowledge of the interconnection between transcription termination of mediator and non-coding RNAs.

Keywords

Pcf11, CID, CC, Trf4, NIM, TRAMP, Rtt103, Transkripce, NMR, FA, Transcription

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 12. 6. 2018
• Vedoucí: Mgr. Karel Kubíček, PhD.
• Oponent: RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika