Studium interakce kinásové C1 domény s fosfolipidovou membránou

Bc. Ľubomíra Valová

Bakalářská práce

Study of interaction between phospholipid membrane and C1 domain from protein kinase

Abstract:

This bachelor thesis aims to elucidate the mechanism of activation of protein kinase D1, mediated by binding of its preserved C1a domain to the phospholipid membrane. Specifically, it focuses on the effect of diacylglycerol incorporated in the membrane and its affinity to the C1 domain. The molecular insight at the atomistic level is obtained using all-atom molecular dynamics simulations.

Abstract:

Táto bakalárska práca sa zameriava na objasnenie mechanizmu aktivácie protein kinázy D1, sprostredkovanou naviazaním jej konzervovanej C1a domény na fosfolipidovú membránu. Špecificky sa zameriava na vplyv diacylglycerolu zakomponovaného v membráne na afinitu k C1 doméne. Nástrojom na sledovanie atomárnych interakcií je v tejto práci molekulová dynamika a simulácie s atomárnym rozlíšením.

Klíčová slova

molekulová dynamika, atomárne rozlíšenie, protein kináza D, membránová dvojvrstva, diacylglycerol

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2017
• Vedoucí: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika