Výskyt genů kódujících cyklomoduliny u pacientů s kolorektálním karcinomem

Bc. Natálie Kazdová

Master's thesis

Prevalence of cyclomodulin-encoding genes in patients with colorectal carcinoma

Anotácia:

Kolorektální karcinom je jednou z nejčastěji se vyskytujících rakovin v západním světě. Mikrobiom kolonizující střevo může vést k rozvoji různých onemocnění, včetně kolorektálního karcinomu. Bakterie mohou ovlivňovat vývoj onemocnění svými metabolity, invazí do epiteliálních buněk nebo interakcemi s imunitními buňkami. Je snaha objevit markery, které jsou spojené s výskytem kolorektálního karcinomu. Hlavním cílem mé diplomové práce tedy byla detekce bakteriálních toxinů a cyklomodulinů, které mohou ovlivňovat rozvoj kolorektálního karcinomu, konkrétně byly vybrány koliciny E1 a E1* a cyklomoduliny cnf-1, cdt a pks. Součástí bylo také hledání souvislostí mezi těmito geny a bakteriální kompozicí. Získané výsledky byly porovnány se skupinou zdravých jedinců. Téměř u poloviny analyzovaných rodů a tří genů bylo nalezeno rozdílné zastoupení mezi vzorky stolice od pacientů a zdravých jedinců.

Abstract:

Colorectal cancer is one of the most common cancers in the Western world. The microbiome that colonizes the intestine can lead to the development of various diseases, including colorectal cancer. Bacteria can influence the development of the disease by their metabolites, by invading epithelial cells or by interactions with immune cells. There is an effort to discover markers that are associated with the occurrence of colorectal cancer. The main goal of my diploma thesis was the detection of bacterial toxins and cyclomodulins that can affect the development of colorectal cancers, specifically selected colicins E1 and E1* and cyclomodulins cnf-1, cdt, and pks. It also included finding connections between these genes and the bacterial composition. The obtained results were compared with a group of healthy individuals. In almost half of the analysed genera and three genes, a different proportion was found between stool samples from patients and healthy individuals.

Kľúčové slová

Cyklomoduliny, Kolorektální karcinom, Mikrobiom, Escherichia, 16S rRNA, Sekvenování nové generace, Bakteriální kolonizace, Cyclomodulins, Colorectal carcinoma, Microbiome, Next-generation sequencing, Bacterial colonization

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 6. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 7. 2020
• Vedúci: Mgr. Lenka Micenková, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Juraj Bosák, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Bioanalytical Laboratory Diagnostics in Medicine - Medical Genetics and Molecular Diagnostics / Bioanalytical Laboratory Diagnostics in Medicine - Medical Genetics and Molecular Diagnostics