Analýza histonových variant v repetitivních oblastech genomu Arabidopsis thaliana

Mgr. Konstantin Kutashev, Ph.D.

Disertační práce

Analysis of histone variants in the repetitive regions of A. thaliana genome

Anotace:

Repetitivní sekvence v genomu A. thaliana jsou zastoupené kodujícímí a nekodujícími sekvencemi. Příkladem kodujících repetitvních sekvencí muže být ribozomální DNA (rDNA), nekódující repetitivní sekvence tvoří centromery a telomery. Ribozomální DNA koduje ribozomální RNA (rRNA), nepostradatelnou část ribozomu, základní jednotky buněčné translační machinerie, zodpovědné za proteosyntézu. Ribozomální geny v genomu A. thaliana jsou umístěné ve formě tandemových repetic na koncích chromozomů 2 a 4 (NOR2 a NOR4). Dříve publikovaná literatura ukazuje na zapojení epigenetických mechanizmů do umlčení NOR2. Dizertáční práce se dopodrobna věnuje rozložení řady epigenetických značek podél repeticí ribozomální DNA, popisuje neobvyklé kombinace nalezených epigenetických značek na rDNA.

Abstract:

Repetitive sequences in A. thaliana genome are represented by both coding sequences like ribosomal DNA (rDNA) repeats and non-coding sequences like centromeric or telomeric repeats. Ribosomal DNA encodes ribosomal RNA (rRNA) that is a crucial component of the ribosome, a basic unit of cellular translational machinery responsible for proteosynthesis. Ribosomal genes in A. thaliana are located in tandem arrays on termini of chromosomes 2 and 4 (NOR2 and NOR4). Earlier literature reported that epigenetic mechanisms are involved in the silencing process. This thesis thoroughly investigates distribution of multiple epigenetic marks and along the rDNA repeat, revealing some unexpected combinations of marks controlling transcription of this locus.

Keywords

rDNA, nucleolar foci, histone variants, histone modifications, microscopy, ChIP, chromatin, epigenetics

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 12. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 19. 1. 2021
• Vedoucí: Mgr. Martina Dvořáčková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Roman Matyášek, CSc., Dr. Bénédicte Desvoyes

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Doktorský studijní program / obor:
Genomika a proteomika / Genomika a proteomika