In vitro and in silico mutagenesis of lectins from pathogenic organisms

Mgr. Lenka Adamová, Ph.D.

Doctoral thesis

Abstract:

Lektiny jsou látky všudypřítomné ve všech organismech a plní tam různé funkce. Tato práce byla zaměřená na studium bakteriálních lektinů z lektinové rodiny PA-IIL. První část práce se věnovala mutagenezi vazebného místa a následnému zkoumání vlivu změny aminokyselin na výsledné vlastnosti lektinu. Byly použity dva přístupy, které se navzájem doplňovaly – in vitro a in silico. Další projekt se týkal propojení hemaglutinační techniky s pozorováním případného vzniku hemaglutinace pomocí mikroskopu. Třetí projekt se věnoval fluorescenčnímu značení lektinů a jejich následnému využití ve vizualizaci různých sacharidových povrchů. Jednalo se o mapování povrchu spermií a bakteriálního povrchu.

Abstract:

Lectins are substances ubiquitous in all types of organisms and they serve various functions there. This thesis was generally focused on a study of bacterial lectins from PA-IIL lectin family. The first part of the work focused on binding site mutagenesis and subsequent examination of the effect of change of the amino acids effect on the resulting lectin behavior. Two approaches complementary to each other were used in vitro and in silico. Another project focused on combination of hemagglutination with visual observation using microscope. The third project focused on fluorescent labeling of lectins and its subsequent utilization in observation of various saccharide-bearing surfaces. In particular, the project consisted of studying sperm surface and bacterial surface.

Keywords

lektiny, mutageneze, počítačové modelování, fluorescenční značení, spermie, hemaglutinace lectins, mutagenesis, computational modeling, fluorescently labeling, sperm cells, hemagglutination

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 10. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 27. 10. 2015
• Supervisor: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
• Reader: Dr. Terézia Barna, doc. RNDr. Katarína Mikušová, PhD.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / field:
Biochemistry (4-years) / Biomolecular Chemistry