Nové bioinformatické metody pro globální analýzu peptidových knihoven

Mgr. Adam Krejčí, Ph.D.

Doctoral thesis

Novel bioinformatics methods for global analysis of peptide libraries

Anotácia:

Práce se zabývá vývojem softwarového nástroje pro shlukování velkého množství peptidových sekvencí na základě sdílených sekvenčních motivů. Výsledný nástroj je následně aplikován na data z experimentů využívajících metodu phage display společně se sekvenováním nové generace (NGS) k detailnímu určení epitopů protilátek včetně polyklonálních sér.

Abstract:

The main topic of this work is the development of a software tool for clustering of peptide sequences on the basis of shared sequence motifs. The tool is then applied on data from phage display experiments sequenced using next generation sequencing (NGS) to obtain detailed descriptions of binding specificities of various antibodies including polyclonal sera.

Keywords

bioinformatika, bioinformatics, NGS, phage display, peptid, peptide, antibody, protilátka, software, sequence, sekvence, clustering, shluková analýza

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 10. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 1. 2018
• Vedúci: MUDr. Petr Müller, Ph.D.
• Oponent: doc. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D., Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / odbor:
Biology (4-years) / Molecular and Cellular Biology