Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA – Bc. Anna JELINKOVÁ
Bc. Anna JELINKOVÁ
Master's thesis
Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA
Contribution of electrostatic interactions to the stability of protein-DNA complexes
Abstract:
Ačkoliv silová pole (empirické potenciály) poskytují vysokostandardní simulace, parametry popisující elektrostatické interakce mezi nabitými rezidui, jako fosfáty a kationty, jsou nadhodnocené. Tato práce byla zaměřena na studium elektrostatických interakcí v rámci komplexů proteinů s DNA pomocí simulací molekulové dynamiky, prováděné v silovém poli OL21 na setu vybraných komplexů. Byly zkou-mány efekty …moreAbstract:
While various force fields (empirical potentials) provide high-standard simulations, the parameters describing electrostatic interactions between charged residues, such as phosphates and cations, are known to be overestimated. This thesis was focused on studying electrostatic interactions within protein-DNA complexes by performing molecular dynamics simulation in OL21 force field on set of such complexes …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2023
Thesis defence
- Supervisor: doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
JELINKOVÁ, Anna. \textit{Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA}. Online. Master's thesis. Olomouc: Palacký University Olomouc, Faculty of Science. 2023. Available from: https://theses.cz/id/yacyw8/.
The right form of listing the thesis as a source quoted
JELINKOVÁ, Anna. Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA. Olomouc, 2023. diplomová práce (Mgr.). UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI. Přírodovědecká fakulta
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI, Přírodovědecká fakultaPalacký University Olomouc
Faculty of ScienceMaster programme / field:
Physics / Molecular Biophysics
Theses on a related topic
-
Strukturní dynamika biomolekulárních komplexů
Pavlína Pokorná -
Studium nekanonických konformačních stavů páteře v DNA a v komplexech proteinů s DNA
Elizabeth KOLÁŘOVÁ -
Minoritní stavy páteře B-DNA a jejich vliv na interakci s proteiny
Elizabeth KOLÁŘOVÁ
Name
Posted by
Uploaded/Created
Rights
Folders
Files
MARKLOVÁ, E.
16/5/2023