Zpět na vyhledávání

Bc. Anna JELINKOVÁ

Master's thesis

Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA

Contribution of electrostatic interactions to the stability of protein-DNA complexes
Abstract:
Ačkoliv silová pole (empirické potenciály) poskytují vysokostandardní simulace, parametry popisující elektrostatické interakce mezi nabitými rezidui, jako fosfáty a kationty, jsou nadhodnocené. Tato práce byla zaměřena na studium elektrostatických interakcí v rámci komplexů proteinů s DNA pomocí simulací molekulové dynamiky, prováděné v silovém poli OL21 na setu vybraných komplexů. Byly zkou-mány efekty …more
Abstract:
While various force fields (empirical potentials) provide high-standard simulations, the parameters describing electrostatic interactions between charged residues, such as phosphates and cations, are known to be overestimated. This thesis was focused on studying electrostatic interactions within protein-DNA complexes by performing molecular dynamics simulation in OL21 force field on set of such complexes …more
 

Keywords

molekulová dynamika molekulová mechanika silové pole empirický potenciál protein DNA solný můstek interakce OL21 AMBER CUFIX fosfátová modifikace
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2023

Thesis defence

  • Supervisor: doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.

Citation record

Cite this text
The right form of listing the thesis as a source quoted

JELINKOVÁ, Anna. Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA. Olomouc, 2023. diplomová práce (Mgr.). UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI. Přírodovědecká fakulta

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI, Přírodovědecká fakulta
https://stag.upol.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=291777 Reference to the local database file of the institution

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Physics / Molecular Biophysics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.
 
Name
Posted by
Uploaded/Created
Rights
Theses yacyw8 yacyw8/2
15/5/2023
Folders
Files
thesis DP-Jelinkova_Anna.pdf
MARKLOVÁ, E.
16/5/2023

  • Co je jinak přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Co je jinak další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Co je jinak pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Co je nové vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Co je nové rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.

  • Co se chystá

    Připravujeme další vylepšení pro mobilní zařízení.