Využití pokročilých proteomických metod ve studiu buněčné signalizace

Mgr. Kristína Gömöryová, Ph.D.

Doctoral thesis

Using advanced proteomics for the analysis of cell signaling

Abstract:

This work focuses on utilization of mass spectrometry for dissection of complex biological processes. Specifically, two key co-first author studies are presented in detail – one focused on the proximity interactome analysis and one focused on the global proteome of extracellular vesicles in patients suffering from the ovarian cancer. In these two studies I developed the analytical and interpretation pipelines that were later used in other, both published and unpublished projects. Furthermore, the thesis briefly includes the description of Shiny application for exploration of in-house available MS datasets.

Abstract:

Tato práce se věnuje tvorbě bioinformatických „pipelines“, které umožňují analýzu dat z hmotnostní spektrometrie a lepší pochopení komplexních biologických procesů. Více jsou popsány dvě hlavní studie – první z nich využívá ke studiu interaktomu metodu proximálního značení, druhá je potom zaměřená na studium globálního proteomu extracelulárních vezikulů u pacientek s nádory vaječníků. Pro tyto dvě studie byly vytvořeny analytické a interpretační „pipelines“, které byly následně využity i v dalších, publikovaných i nepublikovaných datasetech. Poslední část disertační práce se věnuje popisu implementace aplikace Shiny, která umožňuje prohlídku a vizualizaci všech datasetů získaných hmotnostní spektrometrií, které jsem v průběhu své práce analyzovala.

Keywords

mass spectrometry, data analysis, Wnt signaling, bioinformatics, BioID, extracellular vesicles, ovarian cancer

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 2. 2024

Thesis defence

• Date of defence: 22. 3. 2024
• Supervisor: prof. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.
• Reader: Juraj Ahel, PhD, Mgr. Martin Hubálek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / field:
Animal physiology, immunology and developmental biology / Animal physiology, immunology and developmental biology