Algorithms for shortest superstring problems

Bc. Katarína Martinová

Diplomová práce

Anotace:

Problém najkratšieho spoločného nadreťazca je NP-úplný problém. Je to veľmi dôležitý problém pre výskum DNA a iné oblasti. Výskum sa sústreďuje na aproximáciu riešenia tohto problému. V práci sú popísané a implementované dva už publikované aproximatívne algoritmy. Sú tiež testované na rôznych sadách dát.

Abstract:

Shortest Common Superstring problem is NP-complete problem. It is very important problem for DNA research and other fields. The research is concentrating on its approximation, two already published approximation algorithms are described, implemented and tested on various data sets.

Keywords

Shortest Common Superstring problem, NP-hard problem, approximation algorithm, greedy algorithm, DNA sequencing, string problems, Problém najkratšieho spoločného nadreťazca, NP-ťažký problém, aproximatívny algoritmus, hladný algoritmus, sekvencovanie DNA, problémy na reťazcoch

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 8. 1. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 2. 2015
• Vedoucí: Ph.D. Alexandru Popa
• Oponent: PhD Sebastian Ordyniak

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika