Využití metody CRISPR/Cas9 ke snižování exprese miR-135b v buňkách kolorektálního karcinomu

Bc. Adriána Zbončáková

Master's thesis

Use of CRISPR/Cas9 method for downregulation of miR-135b in colorectal carcinoma cells

Abstract:

MikroRNA (miRNA), řazené do skupiny krátkých nekódujících RNA, patří mezi významné regulátory jak fyziologických, tak i patofyziologických procesů. MiRNA hrají často klíčovou roli v procesech provázejících maligní transformaci, kde mohou fungovat jako onkogeny nebo nádorové supresory. Souvislost mezi změnou exprese některých miRNA a maligním fenotypem byla popsána i v případě kolorektálního karcinomu, který patří celosvětově mezi nejčastější nádorová onemocnění. Několik prací, které se zabývaly stanovením expresních profilů miRNA u kolorektálního karcinomu, upozornily na miR-135b, jejíž exprese je v nádorových buňkách významně snížena. Cílené snížení exprese miR-135b v buňkách kolorektálního karcinomu by mohlo ovlivnit jejich maligní fenotyp. Diplomová práce byla zaměřena přípravu a charakterizaci stabilních monoklonálních buněčných linií HCT-116 a knockout miR-135b pomocí metody CRISPR/Cas9. Výsledkem mutačních experimentů byl výběr sedmi monoklonálních buněčných linií s významně sníženou expresí miR-135b, které byly charakterizovány na genomické úrovni a pomocí funkčních in vitro testů.

Abstract:

MicroRNAs (miRNAs), a group of short non-coding RNAs, are important regulators of both physiological and pathophysiological processes. MiRNAs often play a key role in the processes accompanying malignant transformation, where they may function as oncogenes or tumour suppressors. A link between altered expression of some miRNAs and malignant phenotype has been reported in colorectal carcinoma, which is one of the most common cancers worldwide. Several studies focusing on the determination of miRNA expression profiles in colorectal carcinoma have highlighted miR-135b, whose expression is significantly reduced in tumour cells. Targeted down-regulation of miR-135b expression in colorectal cancer cells could affect their malignant phenotype. The thesis focused on the preparation and characterization of stable monoclonal cell lines HCT-116 and miR-135b knockout using CRISPR/Cas9 approach. The mutagenesis experiments resulted in the selection of seven monoclonal cell lines with significantly reduced miR-135b expression, which were characterized at the genomic level and by functional in vitro assays.

Keywords

microRNA, kolorektální karcinom, miR-135b, CRISPR/Cas9, buněčná linie, HCT-116, in vitro test, mutace, monoklonální buněčná linie, colorectal cancer, cell line, in vitro assay, mutation, monoclonal cell line

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 15. 6. 2022
• Supervisor: RNDr. Kamila Součková, Ph.D.
• Reader: Mgr. Jiří Štika, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biotechnology / Biotechnology