Interakce proteinu p63 s p53CON v lineární a superhelikální DNA.

Bc. Pavla BAŽANTOVÁ

Master's thesis

Interaction of p63 protein with p53CON in linear and supercoiled DNA.

Anotácia:

Protein p53 je významným transkripčním faktorem, který je nezbytný v prevenci vzniku nádorových buněk. Od svého objevu v roce 1979 byl protein p53 cílem řady studií, které přinesly bližší pohled na jeho strukturu i funkci. O téměř dvacet let později byl objeven jeho strukturní homolog p63. Oba tyto proteiny obsahují tři základní domény, přičemž za specifickou interakci s DNA je odpovědná centrální DNA-vazebná doména. Jako sekvenčně specifické místo pro vazbu proteinu p53 (p53CON) byla identifikována sekvence obsahující dvě kopie motivu 5'-PuPuPuC(A/T)(T/A)GPyPyPy-3', oddělených 0-13 páry bází. Vysoká sekvenční i strukturní homologie DNA-vazebných domén obou proteinů umožňuje proteinu p63 vázat se na p53CON in vitro i in vivo. V této práci byl studován vliv některých faktorů na interakci p63 s p53CON. Vhodné pH pro interakci se ukázalo být 6.0 ? 8.0, vhodné rozmezí teplot 0 ? 30 °C. Byl prokázán inhibiční vliv některých dvoumocných iontů na vazbu p63-p53CON.

Abstract:

Protein p53 is an important transcription factor which plays a significant role in the prevention of the development of tumor cells. Since its discovery in 1979 protein p53 has been a target of many studies which brought a more detailed view on its srtucture and function. The structure homolog of p53, protein p63 has been discovered nearly 20 years later. Both p53 and p63 contain three basic domains. The central DNA-binding domain is responsible for sequence-specific interaction with DNA. The sequence containing two copies of 5´-RRRC(A/T)(T/A)GYYY-3´ motif separated by 0-13 base pairs was identified as a sequence-specific site for p53 binding to DNA. Significant both structural and function homology of DNA-binding domains of both proteins allows binding of p63 to p53CON sequence in vitro as well as in vivo. The influence of some factors on the interaction p63 with p53CON was studied. The strong p63-p53CON interaction was observed in the range of pH 6.0 ? 8.0, at temperatures between 0 ? 30°C. Some ions showed to have the inhibition effect to p63-p53CON interaction.

Kľúčové slová

nádorový supresor p53, protein p63, p53CON, interakce DNA-protein

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 4. 2012

Zverejniť od: 20. 4. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 5. 2012
• Vedúci: RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Experimental Biology