Určení fetální frakce pro neinvazivní prenatální screening monogenních chorob (NIPS-M)

Bc. Zuzana Bouchalíková

Diplomová práce

Fetal fraction determination for non-invasive prenatal screening for monogenic diseases (NIPS-M)

Anotace:

V průběhu těhotenství se v plazmě těhotných žen vyskytují fragmenty DNA plodu, tzv. volná fetální DNA (cffDNA). Genetický materiál plodu je tedy možné získat neinvazivním způsobem a využít ho pro neinvazivní prenatální screening (NIPS). Současné izolační metody však neumožňují separaci fetálních fragmentů od mateřských, které jsou ve vzorku volné DNA (cfDNA) přítomny v nadbytku. Pro spolehlivé výsledky je v některých případech nutné ověřit přítomnost cffDNA ve vzorku. Cílem této práce bylo navrhnout postup pro potvrzení přítomnosti cffDNA ve vzorku založený na detekci SNP a metodu pro NIPS vybraného monogenního onemocnění-achondroplázie. Pro analýzu SNP byla použita metoda analýzy křivek tání, Sangerovo sekvenování a masivní paralelní sekvenování. Pro detekci achondroplázie byla navrhnuta alelově specifická rtPCR.

Abstract:

During pregnancy the fragments of fetal DNA, called cell-free fetal DNA can be found in plasma of pregnant women. This allows for obtaining the fetal genetic material for prenatal screening noninvasively. With the use of current isolation techniques, the complete separation of fetal fragments from the majority of maternal fragment is impossible. In some cases, the confirmation of presence of cffDNA is required. The purpose of this thesis was to develop a method for the determination of cffDNA based on SNP analysis and a method for NIPS of selected monogenic disorder-achondroplasia. Melting curve analysis, Sanger sequencing and massive parallel sequencing were used for SNP analysis. Allele-specific rtPCR was designed for the detection of achondroplasia.

Klíčová slova

volná fetální DNA, detekce cffDNA, neinvazivní prenatální screening, achondroplázie, cell-free fetal DNA, cffDNA detection, noninvasive prenatal screening, achondroplasia

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 24. 6. 2019
• Vedoucí: RNDr. Iveta Valášková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Jitka Kadlecová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Lékařská genetika a molekulární diagnostika pro odborné pracovníky v laboratorních metodách